در مجموعه اسناد آستان قدس رضوی  از دوره صفویه به بعد، حدود 50 برگ سند با موضوع  حرم حضرت معصومه سلام‌الله علیها وجود دارد که قدیمی‌ترین آن مربوط مربوط به 410 سال پیش و دوره صفویه است. این سند که در  سال 1036 هجری قمری نوشته شده ضمن معرفی مستوفی کل موقوفات ایران در آن زمان، به «سرکارآستانه مقدسه معصومه صلوات‌الله علیها  واقع در قم» نیز اشاره کرده است. 
از دیگر اسناد مرتبط با حرم حضرت معصومه سلام‌الله علیها موجود در مرکز اسناد آستان قدس می توان به:
عریضه های کمک کارکنان حضرت معصومه از آستان قدس، تدفین میرزا محمد رضا متولی باشی حرم حضرت معصومه در رواق دارالسیاده حرم امام رضا، مکاتبات اداری مربوطه به موقوفات آستانه مقدسه قم و ارجاع نامه به حرم حضرت معصومه، بازدید کارکنان حرم معصومه از کتابخانه آستان قدس، درخواست اوقاف از آستان قدس و حرم حضرت معصومه برای ارسال نظام نامه، اهدا یک نسخه از طرح تابلو قالی شاه عباس ثانی از مسجد زنانه حرم حضرت معصومه به آستان قدس و ... اشاره کرد. در مجموع بیشترین موضوع اسناد مرتبط با حرم حضرت معصومه مربوط به عریضه های کارکنان حرم حضرت معصومه جهت درخواست کمک از آستان قدس است از جمله مشاغل کارکنان حرم حضرت معصومه (س) که در اسناد آستان قدس که می توان به آن اشاره نمود: متولی باشی، دربان، خادم، فراش، زیارت نامه خوان حرم حضرت معصومه.
در  اسناد کتابخانه آستان قدس به سالروز وفات حضرت معصومه نیز اشاره شده. این سند سال 1306 هجری شمسی، پیرامون قرارداد روشنایی بیوتات حرم مطهر در لیالی متبرکات است که به 10 ربیع الثانی سالروز وفات ایشان در حرم امام رضا نیز اشاره شده است.