شكل گيري هسته اوليه مركز اسناد آستان قدس رضوي از دوره صفوي و در كتابخانه بود. اين كتابخانه در جوار حرم حضرت رضا(ع) درسده هاي نخستين قرن 10ه. ق. شكل گرفت  و تمامي آثار مكتوب  وقفي و اهدايي در آن نگهداري و ضبط شد. هر چند پيش از آن، از قرن 4ه.ق. قرآنها و جزوات قرآني كه وقف روضه منوره شده بود در قرآن خانه نگهداري مي شد.
از جمله آثار خطي كه در زمان ايجاد كتابخانه در دوره صفوي به آن سپرده شد  اسناد وقفنامه هاي مربوط به حرم و تشكيلات بارگاه امام رضا(ع)بود و اين هسته اوليه تشكيل مركز اسناد آستان قدس بود. حفظ و نگهداري اين وقفنامه ها كه عمده ترين اسناد درآمد، هزينه و مصارف آستان قدس محسوب مي گرديد بسيار اهميت داشت چراكه مبناي چگونگي اداره بسياري از تشكيلات داخلي آستان قدس، پرداخت حقوق و مواجب كاركنان و ساير هزينه ها به صورت مكتوب و طبق نظر و شرايط واقفان در آن ذكر شده بود .اين اسناد در واقع  آيين نامه هاي داخلي تشكيلات اداري آستان قدس محسوب مي شدند و متوليان بايد طبق آن به اداره حرم مي پرداختند. در همان زمان ، براي حفظ و بازيابي  وقف نامه ها، فهرستي از آنها تهيه مي شد و به همراه اصل وقفنامه تحويل كتابدار كتابخانه مي گرديد. در دوره قاجار بر تنوع اسنادي كه به كتابخانه سپرده شد افزوده گرديد و غير از وقفنامه ها، احكام وفرامين شاهان، مصالحه خط، اجاره نامه، و...كه مرتبط با محتواي وقفنامه ها بود به اين مجموعه براي نگهداري واگذار شد و مانند دوره هاي قبل  فهرستهايي از آن تهيه شد كه در فهرست هاي دوره قاجار موجود  است تا دوره پهلوي اسناد موجود در كتابخانه منحصربه همين وقفنامه ها و اسناد مرتبط با آن بودند كه تحويل رئيس كتابخانه شده بود.
درگزارشات سال 1343 درخصوص انتقال قرآنها و جزوات قرآني آستان قدس از قرآن خانه قديم آستان قدس مشخص شد كه مقدار زيادي از« اسناد خطي محاسباتي آستان قدس» همراه آنها است كه ازگذشته همراه با اين قرآن ها در قرآن خانه سابق در ايوان طلاي صحن عتيق بايگاني و نگهداري مي شد. اين نخستين خبر راجع به اسناد غير از وقفنامه ها در كتابخانه است اما در اين سال ها هيچ كاري بر روي اين اسناد انجام نمي شود و فقط در كيسه هاي سربسته در اطاقي در پشت بام حرم نگهداري مي شود.
بنابراين تا تشكيل مديريت امور اسناد و مطبوعات، اسنادي در مجموعه كتابخانه آستان قدس نگهداري مي شد كه همه آنها مرتبط با موقوفات آستان قدس بوده و جنبه كاربردي براي رسيدگي به املاك و اموال وقفي حرم مطهر داشته است. طبقه بندي و ثبت آنها به همين منظور صورت مي گرفت. هنوز انديشه اي مبني بر ساماندهي اسناد و ارائه آن به محققان شكل نگرفته بود.
در سال 1363حين نوسازی حرم با تخريب ديواری کاذب حدود 283000برگ اسناد تشكيلات اداري آستان قدس که قبلا راجع به آن توضيحاتي داده شد، يافت شده و به کتابخانه منتقل شد و به صورت دفترچه های کوچک صحافی ونگهداری می شد.
اين مجموعه های سندی،  در واحدی به نام تالار آرشيو اسناد و خراسان، زير مجموعه بخش آرشيو مطبوعات واسناد، در اداره اسناد ومخطوطات  - حفظ  می شد.
با اقداماتی که ازمرداد  سال 1374 برای شناسايی وايجاد روش های علمی برای فهرست وثبت اسناد با جذب نيروهای کارشناس صورت گرفت؛ قابليت اين قسمت برای توسعه اداری وضرورت اقدامات فنی واطلاع رسانی، بر مسؤولين کتابخانه محرز وچارت اداره اسناد تهيه وپيشنهاد شد. و در مهرماه سال 1376اداره مرکزی آستان قدس با تأسيس اداره اسناد در اداره کل کتابخانه موافقت نمود.