داستان این کتاب دو بخش دارد که فونت‌های متفاوت متن، این دو بخش را از هم مجزا می‌کند؛ بخشی از کتاب به ماجرای داستان پیامبر (ص) و پرنده سبزِ قبا و بخشی دیگر به ماجرای علی می‌پردازد، نوجوانی که داستان پیامبر و سبز قبا را در کتاب خودش مطالعه می‌کند و با الگوگرفتن از همین داستان، درست مثل پیامبر حامی حیوانات می‌شود.

«نشان سبز»، داستانی است که در زمان پیامبر (ص) اتفاق می‌افتد و ماجرای آن از این قرار است که روزی خواهر پرنده سبزِ قبا توسط مردم شکار می‌شود و او که به همین خاطر خیلی غمگین است، از مردم گریزان می‌شود؛ اما در این میان مردی را می‌بیند که از مردم می‌خواهد حیواناتی را که آزاری به آن‌ها نمی‌رسانند، نکشند؛ زیرا آن‌ها به این کار مجاز نیستند. سبز قبا که از دیدن حمایت مرد دلگرم شده بود در روزی دیگر، او را از دست ماری که قصد نیش‌زدن او را دارد، نجات می‌دهد. آن مرد که همان پیامبر (ص) است بعد از این کار سبز قبا، به مردم می‌گوید که از امروز شکار سبز قبا بر مسلمانان قدغن است و گوشت او برای انسان‌ها تلخ و زهرآگین خواهد بود و هر کس آن را بخورد بدنش را دمل‌های چرکین فرا خواهد گرفت. سبز قبا که در این خوشحالی جای خواهرش را خالی می‌بیند، بهترین آوازی که تا به آن را روز خوانده است، برای پیامبر سر می‌دهد.

این همان داستانی است که شخصیت نوجوان کتابِ «نشان سبز» (علی) در کتابی که مشغول مطالعه آن است می‌خواند و همزمان در زندگی خودش به حمایت از حیوانات می‌پردازد. قصه این را که او چگونه با دوستان حیوان‌آزارش مواجه می‌شود تا از حیوانات محله‌شان حفاظت کند دریا چوبین با زبانی ساده و جذاب در کتاب «نشان سبز» روایت کرده است. یکی از ویژگی‌های خوب این کتاب این است که به طور همزمان چند موضوع مانند شناخت روحیه و اخلاقیات پیامبر (ص) و دوستی و حفاظت از حیوانات را به صورت غیرمستقیم به نوجوانان یاد می‌دهد.

این کتاب را می‌توان به طور همزمان در دسته کتاب‌های دینی و کتاب‌های محیط زیستی قرار داد. در پایان داستان و پس از سپری‌شدن اتفاقات جالب توجه و ماجراجویانه علی در مسیر حفاظت از حیوانات، همه اطرافیان از جمله پدر و مادر با او در مسیر حمایت از حیوانات هم‌قدم شده و از فعالیت‌های او حمایت می‌کنند.