موزه قرآن بخشی از این گنجینه با شکوه به شمار می رود که به قرآن های منسوب با دست خط ائمه معصوم(ع) زینت یافت است.
یکی از این قرآن های خطی  نفیس که با خط کوفی بر روی پوست آهو کتابت شده، منسوب به دستخط مبارک امام حسن مجتبی(ع) است که از جذاب‎ترین و دیدنی‌ترین آثار تاریخی، فرهنگی و معنوی گنجینۀ قرآن و نفایس موزه آستان قدس رضوی به شمار می رود.
این قرآن خطی که مورد توجه و استقبال فراوان زائران و مجاوران  بارگاه ملکوتی حضرت رضا(ع) قرار گرفته است سوره‌های یس تا فصلت(جزء 23 تا 24 قرآن) را شامل می شود که در 122 ورق بر روی پوست آهو در اندازه 16.5 در 11.5 سانتی‌متر به خط کوفی هفت سطری کتابت شده است.
این اثر نفیس در سال 1008 هجری قمری به دست شاه عباس اول صفوی وقف آستان مقدس امام رضا(ع) شده است. در صفحه نخست این قرآن وقف‌نامۀ شاه عباس اول صفوی به خط و امضای شیخ بهایی به چشم می‌خورد و در صفحۀ آخر،‌ ترقیمۀ «کتبه حسن بن علی ابن ابیطالب فی سنة احدی اربعین» قابل مشاهده است.
 در وقف‌نامه این قرآن نیز چنین آمده است: «این جزء قرآن مجید را که به خط شریف حضرت امام همام سبط الرسول و قرّة عین الوصی والبتول ابی محمد الحسن علیه الصوة والسّلم است، وقف نمود بر روضة منورة مطهرة سدره مرتبة رضیّه رضویّه علی صاحبها الف الف سلام و تحیّة، پادشاه اسلام پناه ظل الله خاک آستانة خیر البشر مروّج مذهب حق ائمة اثنی عشر، غلام باخلاص امیرالمؤمنین حیدر ابوالمظفر شاه عباس الحسینی الموسوی الصّفوی بهادرخان خلدالله تعالی ملکه و سلطانه و افاض علی العالمین برّه و عدله و احسانه به حق محمد وآله الطاهرین آمین رب العالمین، حررّه الداعی بهاءالدین محمد العاملی».
مرکز اسناد، بخش دیگری از گنجینه رضوی به شمار می رود که در آن اسناد تاریخی که از برگزاری مراسم جشن و سرور شب میلاد کریم اهل بیت امام حسن مجتبی(ع) روایت می کند جمع آوری شده است.
 بر پايي جشن ميلاد امام حسن مجتبي(ع) در نيمه ماه رمضان سنتي بوده كه در حرم ملائك پاسبان رضوي انجام مي گرفته است.
اين مراسم كه در ايوان طلاي مبارك صحن قديم (صحن انقلاب ) و پس از اذان مغرب داير مي شده شامل پذيرايي از مهمانان با شربت و شيريني بوده است.
چراغاني صحن هاي حرم در شب ميلاد امام دوم شيعيان از ديگر برنامه هايی بوده که طی اين ايام در حرم مطهر رضوی به اجرا در می آمده است.
در سازمان کتابخانه‌ها، موزه‌ها و مرکز اسناد آستان قدس رضوی ۱۳ میلیون و ۵۰۰ هزار برگ سند تاریخی، ۲ میلیون نشریات ادواری، هزاران اثر موزه‌ای، ۶۵ هزار کتاب چاپ سنگی و ۱۰۶ هزار نسخه خطی نفیس و تاریخی نگهداری می شود که در طی مدت عمر این کتابخانه که قدمتی به بلندای تاریخ اسلام دارد، جمع آوری شده است.

نوری ز حریم مرتضی آمده است
با حلم و وقار مصطفی آمده است
فرمان اجابت دعا در این ماه
از یمن قدوم مجتبی آمده است