به گزارش روابط عمومی کتابخانه و موزه وزیری یزد، وابسته به آستان قدس رضوی، بیش از 60 نسخۀ خطی و چاپ سنگی از ملاصدرا و آثار وابسته به وی در این کتابخانه نگهداری می شود.
نفیسترین نسخه خطی موجود در کتابخانه نسخهای از «اسفار اربعه» است که در سال 1094 ق به قلم محمدمهدي بن محمد صالح رضوي در 221 برگ 27 سطری به خط نسخ کتابت شده است.
«المبدأ و المعاد» به کتابت سال 1127 قمری به قلم شريفحسين بن محمدحسن به خط نسخ 23 سطری، «الشواهد الربوبیه فی المناهج السلوکیه» به کتابت 1075 ق به خط نسخ 21 سطری و تفسیر عرفانی و فلسفی از سورۀ أعلی به زبان عربی به کتابت سال 1306ق به خط نستعلیق 16 سطری، از دیگر آثار خطی ارزشمند ملاصدرا است.
نسخه خطی «حاشیه الشفاء» یا «تعلیقات الشفاء» به زبان عربی که ملاصدرا در آن در سال 1084ق به خط نسخ 20 سطری در 355 برگ کتابت شده و «سریان نور وجود الحق فیالموجودات و...» به کتابت سال 1028 ق به خط نستعلیق 15 سطری، شرح هدایه الحکمه یا «شرح الهدایة الأثیریة» به کتابت قرن 13ق، «مفاتیح الغیب» به قلم عباس خبوشانی در سال 1280ق و «المشاعر» به کتابت سال 1256ق به قلم محمدجواد شهربابکی و حسین بن صادق صفار به خط نسخ و نستعلیق که در 37 برگ کتابت شده و دارای جلد تیماج است، از دیگر آثار خطی موجود در کتابخانۀ وزیری یزد است.
برخی از آثار چاپ سنگی موجود در این کتابخانه از آثار ملاصدرا : شرح اصول کافی، شرح حاوی امهات مطالب عقل و علم کتاب اصول کافی، مفاتیح الغیب، مجموعه من التفاسير السوره و الايات قرآنيه، الحکمة المتعالية في مسائل الربوبية، رسائل شامل الحدوث، اتصاف الماهية بالوجود، التشخص، سريان الوجود، القضاء و القدر، الحشر، الشواهد الربوبيه، المبداء و المعاد، شرح المشاعر، شرح العرشیه و المشاعر برخی از آثار این فیلسوف بزرگ است که آثار چاپ سنگی آن در این کتابخانه موجود است.