در گنجینه ی کُتُب خطی، بسیاری از آثار نفیس و منحصر به فرد دیده می شود که می توان به نسخه های زیر اشاره کرد:

*تفسیر سوره ی اعراف (سده پنجم ه.ق)

*نزهه الانفس و روضه المجلس (نوشته ی محمد بن علی العراقی در 590 ه.ق)

*تفسیر الموجز (نوشته و به خط ابوالفتوح عجلی در قرن ششم ه .ق)

*الجامع لصنعته التریاق(در طب ، تألیف نور الدین ابوالحسن انصاری متطبّب در 670 ه . ق)

*المختارات من الرسائل (مجموعه منشآت از قرون 6و 7 ه.ق ، کتابت 693 ه . ق)

*القانون فی الطب (تألیف ابو علی سینا ، تحریر سده ی هفتم ه . ق)

*قرآن مجید (به خط جلال جعفری ، تحریر 712 ه.ق)

*تذکره ی سویدیه (در طب ،تألیف ابن طرخان طبیب ، تحریر 715 ه . ق)

*صحاح اللغه (تآلیف ابونصر اسماعیل بن حماد جوهری،تحریر 763 ه . ق)

*تحریر المجسطی (تألیف خواجه نصیر طوسی در سده ی نهم ه . ق)

*دیوان حافظ (تحریر عهد صفویه با 14 لوحه مینیاتور)

*تذکره ی نصر آبادی (به امضای مؤلّف ، تحریر 1091 ه.ق)

*محضر الشهود فی ردّ الیهود (تألیف حاجی بابای قزوینی در 1211 ه.ق)

*تذکره ی شبستان (گرد آوری محمد علی مدرس یزدی در 1276 ه.ق)

*جامع اللغات ( تألیف محمد جعفر ندوشنی یزدی در سده ی 13 ه. ق)

*مجمع الجواهر ( دست خط 360 تن از علماء و بزرگان قرن 14 ه.ق در چهار جلد)

*کشف الحقایق سید محمد رضوی معروف به نواب وکیل در قرن 14 ه.ق)

دیگر نفایس این مجموعه عبارتند از : طومار قرآن کریم به خط بسیار ریز (ظاهراً غبار) با خوشنویسی اسماعیل بن علی نقی موسوی یزدی (تحریر 1199) بر روی کاغذ ترمه به طول 60/5متر و عرض 9 سانتیمتر / صفحاتی از خطوط علمای بزرگ،مانند: علامه حلّی ، شیخ بهایی ، علامه مجلسی، ملا مهدی نراقی / تعدادی منشور ، فرمان پادشاهان ، اسناد و قباله های دولتی ،نکاح نامه ها، نقوش قدیمی ، مرقّعات استادان خط از جمله احمد نیریزی ، استاد میرعماد,درویش عبد المجید طالقانی ، عبد الوهاب طراز یزدی/ تعدادی وقف نامه از جمله وقف نامه مدرسه شاهزاده محمد ولی میرزا،حاکم یزد( 1238 تا 1243 ه.ق، تحریر 1321 ه.ق، به طول 30/2 متر و عرض 40 سانتیمتر که در حاشیه ی امضاء و یا مُهر 199 نفر از علماء ، فضلاء ، طلّاب ،تجّار، خوانین و بزرگان دیده می شود/ و نیز صدها عکس قدیمی از رجال و بزرگان ایران مخصوصاً یزد.