هسته اوّلیه مخزن کتاب های خطّی، شامل کتابهایی بود که واقف از خود و پدرش مرحوم سیدمهدی به کتابخانه اهدا کرده بود و پس از بنیان کتابخانه و دست یاری که وزیری به سوی مجموعه داران و فرهنگ دوستان یزد دراز کرده، توانسته بود تا زمان درگذشت (1356/2/3) تعداد 3950 جلدکتاب خطّی را در این کتابخانه گرد آورد که بیشترین آنها، اهدایی و تعدادی هم کتابهایی بود که با هزینه شخصی خود، از روی دیگر کتاب های خطّی موجود در یزد استنساخ شده بود امّا از سال 1358ش تا 1388 ش تنهاحدود 500 نسخه به مجموعه کتابهای خطّی افزوده شده که باز تقریباً 90 درصد آن را کتاب های اهدایی تشکیل می دهد.

از سال 1345 ش در پی انبوه شدن کتابهای خطّی و درخواست واقف از استاد محمّدتقی دانش پژوه، فهرست نگار وکارشناس نامور نسخه های خطّی کتابخانه مرکزی دانشگاه تهران و همراهی استاد ایرج افشار، زمینه فهرست نگاری کتابهای خطّی کتابخانه با اشراف و راهنمایی محمّدتقی دانش پژوه فراهم شد و کار با جدیّت از سوی انجمن آثار ملّی و محمّد شیروانی، فهرست نگار کتابهای خطّی دانشگاه تهران پیگیری شد تا اینکه به ترتیب از سال 1350 تا 1358 ش، پنج جلد فهرست آن چاپ گردید. این فهرست متأسّفانه نواقص و اشتباهات فراوانی دارد و اطّلاعات آن یکدست نیست که قرار شد در سال 1388 ش با نظارت کتابخانه مرکزی آستان قدس، ضمن ویرایش و پیرایش آن، اطّلاعات نسخه های تازه یاب نیز بدان افزوده شده و مجموعاً در شش جلد چاپ گردد.

در سال 1372 ش از تمامی نسخه های خطّی کتابخانه، دو سری ریزفیلم تهیّه شده که یک نسخه آن در کتابخانه و نسخه ای دیگر در کتابخانه مرکزی آستان قدس وجود دارد و قرار است در سال جاری، دستگاه میکروفیلم خوان برای کتابخانه خریداری گردد تا بدین وسیله هم افراد بتوانند به آسانی از محتویات کتابها بهره ببرند و هم کتاب ها کمتر آسیب ببینند.

نیز به دلیل اهمیّت و ارزشمندی نسخه های خطّی، یک بار فهرست کتاب های عربی آن در لبنان به سال 1368 ش و یک بار فهرست کتابهای پزشکی آن از سوی دانشگاه علوم پزشکی یزد به سال 1367ش چاپ شده است.

در گنجینه کنونی کتاب های خطّی، بسیاری از آثار نفیس و منحصر به فرد از کاتبان، نویسندگان و شاعران یزدی به چشم می خورد که مجموعاً تعداد آن به 4670 جلد می رسد که از این میان 147 جلد آن قرآن مجید و بیشترین درصد کتاب ها را کتاب های مذهبی تشکیل می دهد.