کتابخانه وزیری یزد با بیش از ۶ هزارمتر مربع، دارای بخش‌های مختلفی ویژه آقایان و بانوان است که از آن جمله می‌توان به مخزن کتب خطی، مخزن کتب چاپ سنگی، مخزن کتب چاپ سربی، مخزن کتب چاپی، تالار مطالعه بانوان و آقایان، تالار محققان و میز مرجع، آرشیو مطبوعات، بخش امانت منابع چاپی، تالار اینترنت، سمعی بصری و اطلاع‌رسانی، بخش صحافی و مرمت کتب خطی، موزه، سالن نمایشگاه، گالری عکس و طرح وتالار اجتماعات اشاره کرد. کتابخانه وزیری دارای بیش از 28000 عضو، همه‌روزه به جز روزهای تعطیل رسمی از ساعت 7 تا 19:30، جنب مسجد جامع کبیر یزد و در بافت سنتی این شهر میزبان اهل علم و پژوهش است. مخزن کتاب های چاپی در مخزن چاپی 249000 کتاب چاپی نگهداری می شود. مخزن کتاب های خطی مخزن کتاب های خطی در میانه مخزن آب انبار عطاء الله نقشبند (بین ساقه و گنبد) که متعلق به سده 11 ق بوده، ساخته شده و بنابر تمهیداتی که در نظر گرفته شده، همچون قلعه ای مستحکم، یک دیواره در درون و دیواره ای دیگر در برون جداره ای آب انبار بدان افزوده اند که توان مقاومت در شرایط گوناگون، مانند زلزله و رانش را داشته باشد. در این مخزن هم اکنون 4931 نسخه خطی نگهداری می شود. مخزن کتاب های چاپ سنگی این مجموعه 5511 نسخه چاپ سنگی را در بر دارد. کتاب ‌های چاپ سنگی، حاصل دوره انتقال از دوران منابع خطی به منابع چاپی است. این نسخه‌ها، ذخایر گرانبهای این مرز و بوم و حاوی معارف بزرگان‌مان در موضوعات مختلف بوده و از نظر تاریخی، علمی، سیاسی، اجتماعی، فرهنگی و دینی نیز دارای ارزش بسیار والایی است. نسخه‌های چاپ سنگی و سربی کتابخانه وزیری یزد علاوه بر متن اصلی دارای حواشی، شرح‌ها، تقویم‌ها، وقف‌ها، امضاها و مُهرهای حاوی اطلاعات خاصی است که برای محققان، ارزش فراوانی دارد. همچنین از جنبه‌هایی مانند نوع چاپ، خط، تاریخ کتابت، قدمت و نفاست علمی، هنری، تصویرسازی و... دارای اهمیت به‌سزایی است. رساله فارسی «نخبه»، اثر تألیفی آیت‌الله علامه حاجی محمد ابراهیم کرباسی؛ از مراجع بزرگ شیعه در سده سیزدهم هجری قدیمی‌ترین نسخه‌ چاپ سنگی چاپ شده در ایران موجود در این گنجینه است. این کتاب با محوریت احکام دین، به اهتمام عبدالمحمد طهرانی لواسانی در سال ۱۲۵۴ قمری (پنج سال پس از ورود صنعت چاپ سنگی به ایران) در تهران به چاپ رسیده است. «زادالمعاد» اثر محمد باقر بن محمد تقی مجلسی(به زبان فارسی و عربی) در سال 1257 و 1258ق قمری و همچنین «قرآن» کتابت شده احمد بن محمد التبریزی که در سال 1258 قمری در دارالطباعه آقا جبار بن حاج غفار تبریزی در تبریز به چاپ رسیده، از دیگر کتاب‌های چاپ سنگی این گنجینه است که از نظر قدمت ارزش خاصی دارد. نسخه‌های چاپ سنگی مانند نسخه «اسرارالشهاده»، تألیف اسماعیل سرباز بروجردی و مجموعه «البدایه»، تالیف محمد تقی بن محمدباقر شریف یزدی که به ترتیب در سال‌های 1275 و 1277 قمری منتشر شده، در این کتابخانه وجود دارد که نشان می‌دهد 26 سال پس از ورود چاپ سنگی به ایران، مطبعه چاپ سنگی در یزد نیز وجود داشته است. مخزن کتاب های چاپ سربی بیش از 1000 نسخه چاپ سربی در مخزن کتاب های چاپ سربی نگهداری می شود. مخزن و آرشیو مطبوعات بیش از 1675 نشریه نفیس از دوره قاجار تاکنون در این کتابخانه در دسترس پژوهشگران قرار دارد. روزنامه چاپ سنگی «تربیت» به عنوان قدیمی‌ترین روزنامه موجود در آرشیو کتابخانه است. شماری از روزنامه چاپ سنگی ادب در کتابخانه موجود است. همچنین تعدادی از شماره‌های نشریه حبل المتین چاپ کلکته و تهران نیز در این کتابخانه نگهداری می‌شود. از دیگر نفایس آرشیو مطبوعات این کتابخانه می‌توان به شماره‌هایی از روزنامه‌های «بلدیه» چاپ بلدیه تهران در سال 1339 قمری، روزنامه «پروانه» چاپ تهران در سال 1329 قمری، روزنامه «کاوه» چاپ آلمان در سال 1339 و 1340 قمری و روزنامه «بیداری» چاپ کرمان در سال‌های 1308-1312 شمسی، اشاره کرد. مجموعه ای از روزنامه های قدیمی و نفیس چاپ یزد از جمله شیرکوه، گلبهار، ناصر، ملک، طوفان و ... در آرشیو مطبوعات نگهداری می شود. همچنین ارمغان، اطلاعات هفتگی، بررسی‌های تاریخی، ترقی، توفیق، خواندنی‌ها، دانشمند، درس‌هایی از مکتب اسلام، سپید و سیاه، سخن، سروش، گوهر، هنر و مردم، یادگار، هنر و معماری، وحید و یغما، برخی از عناوین مجله‌های مهم و ارزشمند کتابخانه وزیری یزد محسوب می‌شود. همچنین آرشیو دوره تقریباً کامل دو روزنامه‌ اطلاعات و کیهان؛ از جمله روزنامه‌های با سابقه کشور، با بیش از نیم قرن فعالیت مطبوعاتی و همچنین آرشیو روزنامه‌های قدس، رسالت، جام جم، جمهوری اسلامی، ایران، همشهری، پیمان یزد، ندای یزد، ملک یزد و... در این کتابخانه در دسترس مراجعان قرار دارد. از نفیس‌ترین سالنامه‌های آرشیو مطبوعات کتابخانه وزیری یزد نیز می‌توان به سالنامه دبیرستان ایرانشهر، سالنامه ایساتیس، سالنامه دبیرستان ایراندخت، سالنامه فرهنگ یزد، پارس، دنیا، نوردانش، اطلاعات سالیانه و... اشاره کرد. تالار محققان و میز مرجع تالار محققان و میز مرجع جهت کمک به محققان و پژوهشگران راه انداری شده است. در تالار محققان کتب مرجع و یزدشناسی نیز نگهداری می شود. تالار اینترنت در این قسمت خدمات اطلاع رسانی از طریق اینترنت با خطوط پرسرعت ADSL انجام می شود. خدمات کپی و تکثیر نیز در این بخش انجام می شود. تالار مطالعه برادران و خواهران خدمات این دو تالار به صورت قفسه باز انجام می شود. سالن اجتماعات سالنی است با گنجایش 120 نفر، جلسات انجمن ادبی کتابخانه و دیگر همایش های علمی، فرهنگی، هنری، اجتماعی در آن برگزار می شود. مرمت و صحافی با توجه به اینکه 249000 نسخه چاپی، 4931 نسخه خطی، 5511 نسخه چاپ سنگی و بیش از 6000 نشریه در کتابخانه نگهداری می شود بخش مرمت و صحافی در کتابخانه ایجاد شده است. امانت از سال 1377 بخش امانت در کتابخانه دایر شده است و کتابخانه بیش از 28000 نفرعضو دارد. سمعی و بصری و اطلاع رسانی هم اکنون بخش سمعی بصری کتابخانه 3218 سی دی دارد و به امانت داده می شود. سالن نمایشگاه و کارگاه های هنری گالری عکس و طرح موزه وزیری پس از راه اندازی کتابخانه و درخواست بانی آن از دارندگان اسناد و کتب خطّی، اندک اندک، به غیر از کتاب، تعدادی فرمان، نکاح نامه، مرقّع و حتّی اشیای نفیس و عتیقه به کتابخانه اهدا شد و از سال 1367 ش که وجود موزه ای در جنب کتابخانه به تصویب مدیران ارشد آستان قدس رسید، شروع به خرید اشیاء و آثار نفیس گردید. به موازات این کار، تأسیس مرکز یزدشناسی که به همّت جمعی از فرهنگیان و ارادتمندان مرحوم وزیری در سال 1374ش محقّق شد، گروهی از مجموعه داران و علاقمندان و نیکوکاران ترغیب و تشویق شدند که اشیاء و وسایل ارزشمند تاریخی و کهن خود را به گنجینه ای که در جنب این مرکز قرار داشت، بسپارند به حدّی که دیگر فضای وسیع تالار طبقة دوم کتابخانة مروج، گنجایش نگهداری آنها را نداشت و اکنون که آن گنجینه ، پس از سالها به جایگاه اصلی خود واقع در طبقة همکف ساختمان جدید کتابخانه وزیری منتقل شده، از وجود دهها مرقّع، صدها سکّه، هزاران قطعه عکس از مراجع ، بزرگان، علما،و اماکن تاریخی یزد، ابزار وادوات جنگی، عودسوز، ابزار و اشیای توزین، سماور ، لباس های سنّتی و قدیمی، مهر و نگین انگشتری ، تابلوهای نقاشی، قلمدان و وسایل تزئینی و هنری بهره مند است. ابزار و اشیاء ومرقعّاتی که هرکدام معرّف ذوق و هنر هنرمندان و صنعت کاران یزد در طول تاریخ است. از برجسته ترین نفایس این گنجینه می توان به موارد زیر اشاره کرد: 1. طومار کامل قرآن کریم به قطع بازوبندی به طول 60/5 متر وعرض 9 سانتی متر به خطّ بسیار ریز(غبار) اسماعیل بن علی نقی موسوی یزدی، تحریر1199ق بر کاغذ ترمه. 2. وقف نامة مدرسة شاهزاده محمّدولی میرزا، حاکم یزد، تحریر1221ق، به طول 30/2 متر و عرض 40 سانتی متر که در حاشیة آن 199 نفر ازعلما، بازرگانان، طلّاب، بزرگان و خوانین یزد امضاء یا مهر نموده اند. 3. قبالة ازدواج آقا محمّد هراتی و خدیجه سلطان به تاریخ 1284ق با مهریة هفت هزار تومان. 4. قبالة ازدواج میرزا محمّد صرّاف بمی و خدیجه سلطان خاتون با مهریة 210 تومان. 5. نمونة خطوط استادان خوشنویس ایران مانند : احمد نیریزی، میرعماد، درویش عبدالمجید طالقانی و عبدالوهّاب طرازیزدی 6. تعداد زیادی وقف نامه، منشور، اسناد، قباله های دولتی، نقوش قدیمی، مرقعّات (216مرقع)، چهار فرمان از فتعلی شاه قاجار، شش نکاحنامه نفیس مذهّب و 150 سکة ضرب دارالعباده یزد.