کتابخانه وزیری پس از گسترش فضای کیفی و کمّی آن که با عنایات خاصّه مسئولان کتابخانه مرکزی آستان قدس رضوی و همکاری استانداری یزد و وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی محقّق شد. مجموعاًَ فضای زیر بنای آن به شش هزار متر مربّع رسیده که دارای بخش­های زیر است:

1- مخزن کتاب چاپی

در این فضا مجموعاً حدود 170 هزار جلد کتاب چاپی قرار دارد.

2- مخزن کتاب خطّی

این فضا در میانه مخزن آب انبار عطاء­الله نقشبند (بین ساقه و گنبد) که متعلّق به سده 11ق بوده، ساخته شده و بنا بر تمهیداتی که در نظر گرفته شده، همچون قلعه­ ای مستحکم، یک دیواره در درون و دیواره­ای دیگر در برون، جداره آب انبار را نیز بدان افزوده ­اند که توان مقاومت در شرایط گوناگون مانند آتش سوزی، زلزله، رانش زمین و حتّی انفجار را داشته باشد. در مخزن کنونی هم اکنون حدود 4928  نسخه خطّی و 50 نسخه عکسی نگهداری می­شود. زیربنای این بخش حدود صد متر مربّع است.

3- مخزن کتاب چاپ سنگی

کتاب­ های چاپ سنگی که برخی از آنها ارزش و اهمیّت آن کم از نسخه­ های خطّی نیست، از درون مخزن کتاب­های چاپی استخراج شده و اکنون حدود 5511 جلد کتاب چاپ سنگی در این مکان وجود دارد.

4- مخزن مطبوعات

در این مجموعه، بیش از 1675 عنوان مجلّه و 100 عنوان روزنامه از سال 1311ق تاکنون نگهداری می­شود. این نشریات به دو صورت اهدایی و خریداری به مجموعه کتابخانه افزوده شده است .

قدیمی­ترین روزنامه فارسی موجود در آرشیو مطبوعات کتابخانه، حبل ­المتین به تاریخ 1311ق است.

5-­­ تالار محقّقان

کتابخانه وزیری که اکنون 55 سال از عمر خود را پشت سر می­گذارد، به دلیل در برداشتن کتاب­های ارزندة تاریخی، فرهنگی، ادبی و مرجع، مورد مراجعة بسیاری از استادان و پژوهشگران بوده است. شرایط استفاده از این تالار با دیگر بخش­های کتابخانه فرق می­کند و دارای تسهیلات و امکانات ویژه است.

6- موزه

از سال 1367ش که ایجاد موزه وزیری از جمله بخش­ های وابسته به کتابخانه تصویب شد، اندک اندک نسبت به خرید اجناس و نفایس اقدام شد و در کنار آن اشیای نفیس از سوی یزدی­ ها به این مجموعه اهدا شد.

هم ­اکنون در این مکان ده­ها مرقّع، فرمان، صدها عکس قدیمی، اشیای نفیس، وسایل، صنایع دستی کهن، ابزارآلات زندگی، ادوات جنگ و غیره نگهداری می­ شود.

7- خدمات اینترنت

در این قسمت، خدمات اطّلاع رسانی از طریق اینترنت و خطوط پرسرعت ADSL ارائه می­شود. خدمات کپی و تکثیر نیز در این بخش انجام می­گیرد.

8- تالار مطالعه برادران

در این تالار که به صورت قفسه باز اداره می­شود، حدود 20 هزار جلد کتاب در قفسه­ ها قرار دارد.

9- تالار مطالعه خواهران

این تالار هم به صورت قفسه باز بوده و حدود 20 هزار جلد کتاب را در خود جای داده است.

10- آمفی تئاتر

تالاری است با گنجایش 120 نفر با امکانات صوت و تصویر که در موقع برگزاری جلسات انجمن ادبی کتابخانه وزیری استفاده می ­شود و قرار است در آینده، دیگر همایش­ های علمی، فرهنگی و ادبی در سطح شهر یزد نیز در این مکان برگزار شود.

11- فهرست­ نگاری کتاب­ های خطّی و چاپ سنگی

چون کتابخانه وزیری دارای حدود 5000 نسخه خطّی و 6000 جلد کتاب چاپ سنگی است و نیاز به اطلّاع­ رسانی و روزآمد بودن فهرست­ های آن به­ ویژه در بخش کتاب­ های چاپ سنگی دارد این بخش راه ­اندازی شده و تا کنون بخشی از کتاب­ های چاپ سنگی فهرست ­نگاری شده است و در حال ویرایش فهرست نسخه­ های خطّی و افزودن شناسنامه کتاب­ های جدید خطّی است.

12- بخش مرمّت و صحّافی

وجود 244536جلد کتاب چاپی، 4928جلد خطّی و 5511جلد چاپ سنگی و 6500  مجلد نشرّیه نیاز به بخشی برای احیاء، مرمّت و صحّافی دارد به ­ویژه آن­که اکنون کتابخانه دارای 28704نفر عضو بوده و روزانه حدود 500 جلد کتاب به امانت برده و یا بازگردانده می­ شود و هر ماه نشریّات زیادی به کتابخانه فرستاده می­ شود.

13- مرکز جامع اطّلاع ­رسانی

در این بخش به کلیّة پژوهشگران و دانشجویان کارشناسی ارشد و دکتری، خدمات مشاوره و راهنمایی برای تدوین و نگارش پایان­ نامه و پژوهش ­های آنان داده می­ شود.

14- بخش امانت

کتابخانه وزیری که از سال 1377 بخش امانت آن دایر شده، اکنون 28704نفر، عضو اعم از زن و مرد دارد که بیشترین آن را دانشجویان تشکیل می­دهند. بخش امانت از سه جایگاه به فعالیت می­پردازد:

1- تالار برادران، 2- تالار خواهران، 3- سرویس امانت

15- کتابخانة دیجیتالی

در این بخش، دسترسی به کتابخانه­ های دیجیتالی و مجازی میسّر است.

16- نمایشگاه آثار

اشخاص حقیقی و حقوقی می ­توانند از این نمایشگاه برای ارائه آثار و خدمات خود استفاده نمایند.