هستۀ اوّلیۀ مخزن کتاب¬های خطّی چنانکه اشاره شد، شامل کتاب¬هایی بود که واقف از خود و پدرش مرحوم سیدمهدی به کتابخانه اهدا کرده بود و پس از بنیان کتابخانه و دست یاری که وزیری به¬سوی مجموعه¬داران و فرهنگ دوستان یزد دراز کرده، توانسته بود تا زمان درگذشت (3/2/1356) تعداد 3950 جلد کتاب خطّی را در این کتابخانه گرد آورد که بیشترین آنها، اهدایی و تعدادی هم کتاب¬هایی بود که با هزینة شخصی خود، از روی دیگر کتاب¬های خطّی موجود در یزد استنساخ شده بود امّا از سال 1358ش تا 1395ش تنها 755 نسخه به مجموعة کتاب¬های خطّی افزوده شده که باز تقریباً 90 درصد آن را کتاب¬های اهدایی تشکیل می¬دهد. از سال 1345ش در پی انبوه شدن کتاب¬های خطّی و درخواست واقف از استاد محمّدتقی دانش پژوه، فهرست¬نگار و کارشناس نامور نسخه¬های خطّی کتابخانة مرکزی دانشگاه تهران و همراهی استاد ایرج افشار، زمینة فهرست¬نگاری کتاب-های خطّی کتابخانه با اشراف و راهنمایی محمّدتقی دانش¬پژوه فراهم شد و کار با جدیّت از سوی انجمن آثار ملّی و محمّد شیروانی، فهرست نگار کتاب¬های خطّی دانشگاه تهران پیگیری شد تا اینکه به ترتیب از سال 1350 تا 1358ش، پنج جلد فهرست آن( مجموعأ 3950