اکنون (تیر1398) تعداد کتاب­ های آن بیش از 259492 جلداست که 4931جلد آن خطّی و حدود 5511جلد چاپ سنگی و 50 جلد چاپ عکسی است.

کتاب­ های خطّی، درون ساختمانی ضد زلزله و آتش سوزی معروف به قلعه کتاب در طبقه زیرین کتابخانه، در میان دیوارهای پیشین آب انبار خواجه عطاء الله نقشبند که از بناهای عصر صفوی است، قرار دارد.

کتاب­ های چاپ سنگی، درون مخزنی جنب مخزن خطّی قرار دارد. کتاب­ های چاپی بیشتر در زمینه علوم انسانی بوده که یک سوم آن کتاب­ های مذهبی است و از این میان حدود 5000 جلد کتاب­ ها به زبان انگلیسی، فرانسه، روسی و آلمانی است.

تهّیة کتاب برای کتابخانه وزیری به دو گونه اهدایی و خریداری انجام می­ شود. هنوز که هنوز است و سال­ها از درگذشت مرحوم وزیری می ­گذرد، بسیاری به عشق و ارادت او، مجموعه خود را به کتابخانه اهداء می­ کنند و از سویی به دلیل اهمیّت کتابخانه در نزد نویسندگان و استادان دانشگاه­ های یزد و ناشران، همیشه تازه ­ترین آثار به این کتابخانه سپرده می­ شود و از سویی همه ماهه جدیدترین کتاب­ های چاپی که توسّط واحد خرید کتابخانه مرکزی آستان قدس خریداری می­ شود، به این مجموعه افزوده می­ گردد.

در مجموعه مطبوعات کتابخانه بیش از 1675عنوان مجلّه و 100 عنوان روزنامه از سال 1311ق تاکنون نگهدای می ­شود. این نشریات به دو صورت اهدایی و خریداری به مجموعه افزوده شده است به ­طوری که آمار مجلدات آن اکنون به بیش از 6500 مجلد می­رسد. این مجموعه در تالار مطبوعات قرار دارد.

برخی از قدیمی‌ ترین و نفیس‌ ترین نسخه‌ های کتابخانه عبارتند از: تفسیر سوره اعراف (سده پنجم ه.ق) نزهة الانفس و روضة المجلس(نسخة نفیس و منحصر به فرد) کهن ترین نسخة تاریخ دار کتابخانه وزیری یزد، نزهة الانفس و روضة المجلس، نوشتة ابوسعید محمّدبن علیّ بن عبدالله العراقی(468-561ق) معروف به «ابن حمدان» است که به تاریخ 590ق یعنی 29 سال پس از درگذشت نویسنده، کتابت شده است، این کتاب در زمینه ادبیّات عرب و ویژه تاریخ و نقد امثال عربی است. اطلاعات نسخه شناسی: نسخة خطّی شمارة ثبت 49. نسخه بسیار نفیس و کامل، خط نسخ، تحریر دوشنبه از ماه صفر 590ق. عنوان و نشانه ها به شنگرف با چندین مهر تملّک به سال های 953ق ، 1004ق و 1045ق، 193برگ، اندازه 12*18 سانتی متر، اهدایی شیخ احمد شریعت عقدایی. تفسیر الموجز (نوشته و به خط ابوالفتوح عجلی در قرن ششم ه .ق) جامع الافتراق و الاتفّاق لصنعة التریاق (در طب، تألیف نور الدین ابوالحسن انصاری متطبّب در 670 ه . ق)(نسخه نفیس و کم نظیر) از مهمترین کتاب های خطّی در زمینة تریاق و خواص پزشکی و پادزهری بوده که تاکنون چاپ و منتشر نشده است. تألیف : دهة سوم محرّم 669 ق. کاتب : عبدالملک بن ابن الفتح بن منصور مبنجی (عرف بالعین تایی) خط نسخ تاریخ تحریر 25 شعبان 670 ق، از روی نسخة مصنّف، 317 برگ،35 باب، عناوین به شنگرف جدول،کاغذ سمرقندی، جلد مقوایی با تیماج تریاکی ضربی. اهدایی حجّت الاسلام و المسلمین حاج سیدعلی محمّد وزیری یزدی. کتاب با مهرهای: علی محمّد موسوی و موسوی وزیری است و در آغاز نسخه عبارت: لله ملک السموات و الارض 1340 قمری به خطّ اهدا کننده وجود دارد. المختارات من الرسائل (نسخة نفیس و منحصر به فرد) المختارات من الرّسائل، مجموعه‌ای از منشآت، فرمان‌ها، احكام ديواني، شرعي و عرفي از سده‌های پنجم تا هفتم قمري به كوشش محمود بن بختيار اتابكي گردآوری‌شده است. اين مجموعة نفيس ادبي كه بازمانده از تاراج مغول است و کتاب‌هایی از این‌دست كه شوربختانه در کتابخانه‌های ايران بسيار کم‌اند. بايد بسيار نازنين باشد كه از دستبرد روزگار و مردم روزگار و گزمه‌های يورشگر به‌سلامت جسته است. کاتب: محمود بن بختیار اتابکی تاریخ کتابت: 693 ق 155 برگ‌، 25 سطر، اندازه سطور 20×11، ق‍طع 25×16 سانتی متر، قطع وزیری ‏خط: نسخ، جلد مقوایی باروکش کاغذ با عطف و گوشه تیماج، کاغذ: سمرقندی، اهدایی: حجت‌الاسلام سید علی‌محمد وزیری القانون فی الطب (تألیف ابو علی سینا ، تحریر سده ی هفتم ه . ق) قرآن مجید (به خط جلال جعفری از شاگردان یاقوت مستعصمی ، تحریر 712 ه.ق) تذکره سویدیه (در طب ،تألیف ابن طرخان طبیب ، تحریر 715 ه . ق) صحاح اللغه (تآلیف ابونصر اسماعیل بن حماد جوهری،تحریر 763 ه . ق) تحریر المجسطی (تألیف خواجه نصیر طوسی در سده ی نهم ه . ق) دیوان حافظ، تحریر عهد صفویّه، با 14 لوحة مینیاتور بسیارممتاز، اثر مینیاتورگران اصفهانی. 224 برگ‌، 14 س‍طر، ان‍دازۀ‌ س‍طور 14×5/7، ق‍طع 23×14 س. م، رقعی ‏خط: نستعلیق، جلد: روغنی با گل‌ وبوته‌های رنگارنگ (گل و مرغ) و حاشیه‌ها با گل‌وبوتۀ زر و شنگرف و لاجوردی و غیره. درون جلد روغنی؛ با گل‌وبوته و یک سرو رنگارنگ و حاشیه با گل‌وبوته و دارای عطف چرم ساده است، کاغذ: اصفهانی، آغاز مقدمه؛ دارای سرلوحه‌ای به زر و شنگرف و لاجورد و زنگار و سفیداب و مشکی و غیره با تشعیر و تحریر است. صفحۀ اول و دوم آغاز متن: زرافشان غباری و دارای حاشیه که با گل‌وبوته‌های زرین و شنگرف و لاجوردی و زنگار و مشکی و زرد و سفیداب زینت داده‌شده است. صفحۀ پنجم؛ بین سطور طلا اندازی شده است و شکل گوشۀ متن دیده می‌شود. تمام صفحات نسخه دارای جدول زر و لاجورد است. جمعاً دارای 14 مینیاتور بسیار ممتاز، مشتمل بر اشکال درختان و حیوانات و مناظر طبیعی و مجالس طرب است. تمام صفحات دارای رکابه می باشند. مینیاتورهای آن باگذشت سال‌های زیاد ازلحاظ رنگ و ترکیب‌بندی هنوز ثابت مانده است. در ابتدای نسخه؛ قبل از مقدمه و متن اصلی، دو صفحه شعر به‌صورت مورب و چلیپا و دفتری نوشته‌شده است. با توجه به ویژگی‌های مکتب صفوی و اصفهان این نسخه در زمان خودش دارای ارزش هنری بوده است. در نقوش صفوی تمایل به ایجاد ظرافت و پیچیدگی‌های اعجاب‌انگیز در تزیینات به چشم می‌خورد، این امر از مینیاتورهای بکار رفته در این نسخه و همچنین استفاده از آرایه‌ها و تزییناتی که رنگ غالب آن‌ها در تذهیب طلایی و لاجورد است که در کتاب مورداستفاده قرارگرفته است. با توجه به اینکه در مکتب اصفهان و صفویه رایج بوده، کاملاً مشخص می‌شود که نسخۀ موجود یک نسخۀ منحصربه‌فرد است واز نفاست بالایی برخوردار می‌باشد و نسخه شناسان آن رادر زمره ی نسخۀ اصل به شمار می آورند. اهدایی محمد هراتی کلیات سعدی دارای 13 مینیاتور 225 برگ‌، مختلف السطور، ق‍طع 24×15 سانتی متر، قطع رقعی ‏خط: نستعلیق، جلد: مقوایی باروکش تیماج، کاغذ: سمرقندی، عناوین و نشان‌ها به شنگرف و زر، دارای سه سرلوح، مذهب و مرصع، تمام صفحات دارای جدول‌کشی و جدول داخل متن به زر، تحریر مشکی، زنگار، دارای سیزده مینیاتور مذهب و مرصع، اهدایی: ابوالقاسم ملکی یزدی تذکره نصر آبادی (به امضای مؤلّف ، تحریر 1091 ه.ق) محضر الشهود فی ردّ الیهود (تألیف حاجی بابای قزوینی در 1211 ه.ق) تذکره شبستان (گرد آوری محمد علی مدرس یزدی در 1276 ه.ق) نسخة منحصر بفرد جامع اللغات ( تألیف محمد جعفر ندوشنی یزدی در سده ی 13 ه. ق) سفینه النجاه (تفسیر فارسی ، از سورة عنکبوت تا سوره انا فتحنا) اثر ملّا مقیما یزدی. منتهی المطلب فی تحقیق المذهب : اثر و خطّ : علّامه حلّی، تحریر 678 ق. تورات مقدّس، به زبان عبری با خطّ نسخ و ترجمة فارسی، نوشتة محمّد کاظم الحسینی (نسخة منحصر به فرد). قرآن کریم (از سوره الرحمن تا آخر قرآن) در ۲۸ برگ ۱۵ سطری دارای سر لوح طلاکوب که در سال ۸۸۰ق تحریر یافته است. مجمع الجواهر (دست خط 360 تن از علماء و بزرگان قرن 14 ه.ق در چهار جلد) مجموعة نامه ها، یادداشت ها و دست نوشته های بسیاری از علما و مراجع و دانشمندان اسلامی. در این مجموعه، دستخطّ 360 نفر از بزرگان اسلامی ازجمله آیات عظام و کرام : سید ابوالحسن اصفهانی، سیدمحمّدکاظم طباطبایی یزدی، حاج آقاحسین بروجردی، سیدعبدالله شیرازی، سیدشهاب الدّین مرعشی نجفی، سید محمّدرضا گلپایگانی، و امام خمینی دیده می شودکه اتّفاقاً کهن ترین دست نوشتة امام خمینی به تاریخ 11 جمادی الاول 1363 ق ، در این مجموعه وجود دارد. دیگر نفایس این مجموعه عبارتند از : طومار قرآن کریم به خط بسیار ریز (ظاهراً غبار) با خوشنویسی اسماعیل بن علی نقی موسوی یزدی (تحریر 1199) بر روی کاغذ ترمه به طول 60/5متر و عرض 9 سانتیمتر / صفحاتی از خطوط علمای بزرگ،مانند: علامه حلّی ، شیخ بهایی ، علامه مجلسی، ملا مهدی نراقی / تعدادی منشور ، فرمان پادشاهان ، اسناد و قباله های دولتی ،نکاح نامه ها، نقوش قدیمی ، مرقّعات استادان خط از جمله احمد نیریزی ، استاد میرعماد، درویش عبد المجید طالقانی ، عبد الوهاب طراز یزدی/ تعدادی وقف نامه از جمله وقف نامه مدرسه شاهزاده محمد ولی میرزا،حاکم یزد( 1238 تا 1243 ه.ق، تحریر 1321 ه.ق، به طول 30/2 متر و عرض 40 سانتیمتر که در حاشیه ی امضاء و یا مُهر 199 نفر از علماء ، فضلاء ، طلّاب ،تجّار، خوانین و بزرگان دیده می شود/ و نیز صدها عکس قدیمی از رجال و بزرگان ایران مخصوصاً یزد. 153 جلد قرآن خطی در کتابخانه وزیری یزد 153 جلد قرآن خطی در این کتابخانه وجود دارد. قدیمی‌ترین قرآن این مجموعه، قرآنی به خط جلال جعفری است که در سال 712 هجری قمری توسط یک یهودی خریده شده و در حال خروج از کشور بود که به همت مرحوم وزیری و توسط یکی از تجار یزدی خریداری و به کتابخانه اهدا گردید.