عصر امام جعفر صادق (ع)، رئیس مذهب جعفری و پیشوای ششم شیعیان، دوره طلایی تدوین مسائل علمی، فقهی و کلامی و ترویج علوم و احکام و تربیت شاگردانی خداشناس و بااستعداد بود آن حضرت در پی فرصت ایجاد شده از انتقال قدرت از بنی امیه به بنی عباس، توانست مبانی فکری شیعه را مجدداً احیا و احکام شریعت را تبیین و مذهب شیعه را اعتلاء بخشد. امام جعفر صادق (ع)، در سال 148 هجری قمری به شهادت رسید و درقبرستان بقیع به خاک سپرده شد.
 در حال حاضر مرکز نسخ خطی گنجینه رضوی دارای 106 هزار نسخه خطی نفیس و قدیمی است که 143 نسخه خطی آن با موضوع امام جعفر صادق (ع) می باشد.
کتاب "مصباح الشریعه و مفتاح الحقیقه"
به شماره 20789، این کتاب به زبان عربی و در بیان اخلاق و آداب و مواعظ منقول از امام جعفر صادق (ع) مشتمل بر صد باب است از جمله: البیان، الأخکام، الرعایه، البینه، الذکر، الشکر، اللباس، المبرّز، الطهاره، الخروج من المنزل، دخول فی المسجد،  القرآئه، الرکوع، السجود، الحب فی ا... حقیقه العبودیه. این نسخه دارای حواشی و شروح و ترجمه های متعددی است. آغاز «بسمله، الحمدا... الذی نوّر قلوب العارفین بذکره و قّدس ارواحهم بسرّه » و انجام «فهو من خاصه ا... و عباده المقربین و اولیائه حقا». خط نستعلیق  17سطری، کاتب: میراسماعیل بن میرباقر حسینی خاتون آبادی، تاریخ کتابت: قرن 11ق.، تعداد اوراق 62 برگ، ابعاد 5/11*19 س.م. ، حواشی نسخه مذین است به توضیح برخی از واژه ها.
کتاب «توحید مفضل»
به شماره 9331، این کتاب به زبان عربی و مشتمل بر اسرار و عجایب آفرینش و موجودات آسمان و زمین و دلایل عقلی و شواهد طبیعی درباره اثبات وجود حضرت باری تعالی ورد عقاید منکران، در چهارمجلس است که امام جعفر صادق(ع)به مفضل جعفی کوفی املا فرموده است. آغاز «بسمله، روی محمد بن سنان قال حدّثنا المفضل بن عمرو قال کنت ذات یوم بعدالعصر جالسا فی الروضه بن القبر و المنبر«. انجام: «فاصنر من عند مولای بما لم ینصرف احد بمثله و الحمدا.... رب العالمین». خط نسخ خوش 14 سطری، کاتب: محمد شفیع ، تاریخ کتابت قرن 11 هجری قمری، تعداد اوراق 1 06 برگ ، ابعاد 10*5/17 س. م.، دارای حواشی توضیحی، جلد: مقوا، اهدایی شمس الدین پرویزی در مهر 1343.
کتاب «الاهلیلجه»  
 به شماره 9330، این رساله به زبان عربی و از امام جعفر صادق(ع)، در تبیین مبحث توحید و اثبات حضرت باری تعالی به تقاضای مفضل جعفی کوفی در رد منکران خراوند است   علامه مجلسی این رساله را در بحارالانوار در باب توحید آورده است. آغاز: «بسمله، قال حدثنی محرّز  بن سعید النحوی بدمشق قال حدثنی محمد بن ابی مسهر بالرمله عن ابیه». انجام: «و ان ا... یبعث من فی القبور علیه احبی و علیه اموت ان شاءا....». خط : نسخ 15 سطری، تاریخ کتابت قرن 11 هجری قمریف نسخه تصحیح و مقابله شده، تعداد اوراق 39 برگ قطع رقعی ، ابعاد 10*18 س.ک.