مسجد استقلال جاکارتا بزرگترین مسجد در جنوب شرقی آسیا از نظر ظرفیت است. این مسجد به این دلیل «استقلال» نامگذاری شد که پس از استقلال اندونزی از هلند در سال ۱۹۴۹ کار ساخت آن آغاز و در آن زمان تلاش شد مسجدی بزرگ که شایسته نام اندونزی به عنوان بزرگ‌ترین کشور اسلامی باشد، احداث شود.
مسجد استقلال ۲ هزار و ۷۵۰ متر مربع مساحت و ۳۳ متر ارتفاع دارد و با گنجایش ۲۰۰ هزار نمازگزار به بزرگترین مسجد جنوب شرق آسیا تبدیل شده است.
در طراحی و تزئین راهروی این مسجد از سنگ مرمر ایتالیایی استفاده شده است. همچنین فرشی که برای نمازخانه این مسجد استفاده شده، بافت کشور ترکیه است.
این مسجد دارای هفت ورودی است و هر هفت دروازه به نام اسماء الحسنی، یکی از نام‌های خداوند نامگذاری شده است. عدد هفت نشان دهنده هفت آسمان در کیهان شناسی اسلامی نیز هست.

وضوخانه در طبقه همکف و نمازخانه و صحن اصلی در طبقه اول قرار دارند. این ساختمان از دو سازه مستطیلی متصل تشکیل شده است: سازه اصلی و سازه فرعی کوچکتر. سازه کوچکتر به عنوان دروازه اصلی به‌شمار می‌آید. بنای مستطیل شکل اصلی نمازخانه با گنبد کروی شکل مرکزی به قطر ۴۵ متر پوشیده شده است. عدد ۴۵ نیز نمادی از اعلامیه استقلال اندونزی در سال ۱۹۴۵ است. این گنبد کروی را دوازده ستون مدور نگه می‌دارند که دوازده ستون نشان دهنده ولادت پیامبر اسلام در دوازدهم ربیع الاول است.
محراب بزرگ این مسجد از جنس فلز است و در سمت راست دیوارِ محل قرارگیری این محراب، کلمه «الله» و در سمت چپ آن نام «حضرت محمد(ص)» و همچنین در وسط آن آیه ۱۴ سوره مبارکه طه « إِنَّنِي أَنَا اللَّهُ لَا إِلَهَ إِلَّا أَنَا فَاعْبُدْنِي وَأَقِمِ الصَّلَاةَ لِذِكْرِي: منم من خدايى كه جز من خدايى نيست پس مرا پرستش كن و به ياد من نماز برپا دار» نگاشته شده است.
برخلاف بسیاری از مساجد عربی، فارسی، ترکی و هندی که دارای مناره‌های متعدد هستند، مسجد استقلال دارای یک مناره است که نماد یگانگی خداوند متعال بوده و ارتفاع این مناره ۶۶۶۶ متر است که بیانگر ۶۶۶۶ آیه در قرآن کریم است. همچنین قله فولادی ضد زنگی به ارتفاع ۳۰ متر در بالای مناره، نماد ۳۰ جزء قرآن کریم طراحی شده است.