درباره زندگی نامه شیخ بهائی در کتاب " نهضت حدیثی شیخ بهائی چنین می خوانیم: محمد بن الحسین بن عبدالصمد عاملی، در سال 952 هجری یا 17 ذیحجه 953 هجری قمری در جبل عامل، جنوب لبنان متولد شد. پدرش حسین بن عبدالصمد، از عالمان طراز اول شامات بود. جنوب لبنان و منطقه شامات، عالمان برجسته ای داشته که مرحوم شیخ حر عاملی (1104ق) کتاب «امل الامل» را در ترجمه عالمان جبل عامل نوشت. جد شیخ بهائی، یعنی عبدالصمد هم از عالمان بود که شیخ بهائی «صمدیه» را برای زنده نگه داشتن همین عالم برای برادرش عبدالصمد نوشت.

جده شیخ بهائی، زنی فاضله بود که کرامات داشته است. شیخ نقل می کند که در زمستان سرد، خمیر را به تنور می زد و از آن نان داغ بیرون می آورد.

حسین بن عبدالصمد، پدر شیخ بهائی، از عالمان طراز اول بود و به دعوت شاه سلطان طهماسب صفوی به ایران مهاجرت کرد. شیخ حسین به شیخ الاسلامی ایران منصوب شد و امور قضاوت و جمعه و جماعات ایران در ید قدرت او قرار گرفت. آنان شاه را تایید و سلطنت را شرعی کردند و شاه نیز آنها را به عنوان شیخ الاسلام تعیین کرد. در حکومت صفوی رسم این گونه بود که شیخ الاسلام، یعنی روحانی برجسته اول ایران، باید شاه را تایید می کرد و بدون اجازه نامه او شاه مجوز سلطنت نداشت. و شاه نیز آنها را به شیخ الاسلامی تعیین می نمود.

شیخ حسین بن عبدالصمد، پس از آنکه از شیخ الاسلامی کنار رفت، به بحرین مهاجرت کرد. بحرین در آن دوره قلمرو ایران محسوب می شد. شیخ بهائی پس از پدر به مقام شیخ الاسلامی منصوب شد. حسین بن عبدالصمد کتاب فقهی «العقد الطهماسبی» را به درخواست شاه طهماسب نوشت و در علم درایه کتابی با نام «وصول الاخیار» به رشته تحریر درآورد. حسین بن عبدالصمد در سال 984 هجری قمری درگذشت.

محمد بن الحسین، متولد 953 هجری، فرزند حسین بن عبدالصمد از خانواده بسیار والا بود که به همراه پدرش به ایران مهاجرت کرد. خود او در کتاب «کشکول» می نویسد: اگر پدرم مرا با خود به بلاد عجم نیاورده و همنشین با شاهان نساخته بود در زهد و تقوا نظیری نداشتم.

شیخ بهائی در نزد فقیهانی همچون پدرش تحیل کرده است. او سی سال به سیاحت پرداخت و از محضر عالمان جبل عامل بهره برد. شیخ بهائی در سال 953 هجری قمری در بعلبک از شهرهای جنوب لبنان به دنیا آمده است.