با بررسی آثار به جای مانده از شیخ بهائی دانسته می شود که آن بزرگوار در سه رشته علوم حدیث فعالیت ویژه ای داشته و تالیفات قابل اعتنائی در این موضوع ها و علوم حدیث از خود بر جای گذاشته است. او در رشته فقه الحدیث بیشترین فعالیت را داشته و کتاب هایش در زمینه فقه الحدیث است. شیخ بهائی در کتاب های «الاربعون حدیثا»، شرح دعای هلال ماه رمضان، «مشرق الشمسین»، «الحبل المتین» و بلکه شرح ها و حاشیه های «تهذیب الاحکام»، و «من لا یحضره الفقیه» و «اصول کافی» همین سبک را داشته و به شرح حدیث ها پرداخته است. حاشیه های بسیار لطیف و موجز که بر کتاب های حدیثی زده، حکایت از توجه او به فقه الحدیث دارد. همان طور که پیشتر نقل شد، توجه او به شرح حدیث ها و تدریس کتاب های حدیث، باعث شد تا او توجه عالمان و شاگردان خود را به فقه الحدیث جلب کند.

دومین شاخه حدیثی که شیخ بهائی به آن توجه داشته، رجال الحدیث بوده است. حاشیه بر «خلاصة الرجال» شیخ بهائی و نیز رساله های گوناگون در علم رجال و به ویژه مشجره ای که از شیخ بهائی در باب شناخت طبقات راویان وجود دارد، حاصل همان تدریس او بوده است.

سومین شاخه، علم درایة الحدیث است. کتاب های «الدرایة و الرعایه» و «غنیة القاصدین» شهید ثانی نخستین کتاب های مولف شیعی در علم درایة الحدیث است. پس از شهید ثانی، زین الدین جبعی عاملی (911-965ق)، پدر شیخ بهائی یعنی حسین بن عبدالصمد عاملی (994ق) صاحب «وصول الاخیار»، دومین مولف در علم درایه است. کتاب وی از کتاب های مشهور در علم درایة الحدیث است. شیخ حسین بن عبدالصمد عاملی شاگرد شهید ثانی و ملازم او در سفر و حضر بود.

پس از این دو بزرگوار، شیخ بهائی سومین فقیه شیعه است که دست به تالیف کتاب در موضوع علم درایة الحدیث زده، و کتاب «الوجیزه» را به عنوان مقدمه بر کتاب «الحبل المتین فی احکام احکام الدین» تالیف کرده است. «الوجیزه» دوره ای از علم درایة الحدیث و بسیار موجز و متین است. شرح های گوناگونی دارد که مهم ترین شرح آن تالیف علامه آیت الله سید حسن صدر (1354ق) است، این کتاب به نام «نهایة الداریه» معروف است. شرح دیگری از شیخ عباس قمی (1359ق) معاصر سید حسن صدر دارد که به وسیله استاد حجت الاسلام و المسلمین علی اکبر الهی خراسانی تصحیح، ولی هنوز به چاپ نرسیده است.