در بخشی از مقدمه کتاب آمده است: «دانشنامه بقیع» مثل دیگر رسانه‌ها به اطلاع‌رسانی می‌پردازد؛ گذشته بقیع، آبادانی و عمران آن و سپس تخریب و از بین بردن عمدی بناها و آثار بسیار ارزشمند این سرزمین را به روش مستند نشان می‌دهد.

تخریب کنندگان بقیع هیچگاه توبیخ نشدند

چون درباره بقیع اطلاع‏ رسانی نشده و جهان، اطلاع کافی از بقیع ندارد، تخریب‏ کنندگان هیچ‏گاه توسط مجامع و نهادهای بین‌المللی توبیخ نشده‌اند. با اینکه وظیفه یونسکو حفظ و پاسداری از میراث فرهنگی بشریت است و بقیع مهم‌ترین جایی است که هزاران نخبه از ادیان یهود، مسیحیت و اسلام در آن آرمیده‌اند. از این رو یونسکو و سازمان ملل باید از کشتار مردم، غارت سرمایه‌های متعلق به انسانیت ممانعت بعمل آورد. حداقل ثبت و حراست معنوی بر عهده آنهاست. در جریان حمله به مدینه، هزاران انسان کشته شدند و خزائنی پر از اشیاء بی‌نظیر مثل تاج پادشاهی ساسانیان، شمشیر هارون الرشید و هزاران قطعه بی‌نظیر دیگر به تاراج رفت. این دانشنامه، بقیع را ذیل صدها مدخل معرفی کرده و بسان یک فرهنگ باستانی بزرگ که هزاران جزء دارد، تحولات این اجزاء را به روش تاریخی گزارش و اطلاع‌رسانی می‌کند. این گزارش‏ها، آینه‏ تمام‏ نمای واقعیت‏ها و حقایق است.

این دانشنامه همچنین اسناد و مدارک تحولات را هم تا جایی که امکان داشته، معرفی کرده است. از این رو نهادهای بین‌المللی پس از این گونه اطلاع رسانی‌ها، عذری ندارند و باید پاسخگویی خواست عمومی جهانیان باشند.

بنابراین گزارش، این دانشنامه برای اولین‌بار درصدد است با شیوه نوشتاری ساده و روان، اطلاعات مرتبط به بقیع را برای عموم اعمّ از مسلمانان و غیر مسلمانان عرضه واطلاعات پیش از تخریب را از منابع دست اول استخراج و با قلمی همه فهم ارائه و اما اطلاعات پس از تخریب هم تا جایی که امکان داشت، آورده‌ایم. دسترسی به اسناد و مدارک این دوره، مشکل است. زیرا بسیاری از آنها در اختیار دولت عربستان سعودی و ارگان‌های دولتی مثل شهرداری و استانداری مدینه است و بخش دیگر آن در آرشیوهای اروپا و امریکا است.

این دانشنامه هم منعکس کننده رخدادها و حوادث تاریخ طولانی بقیع است. از این رو قلمرو عینی را در سر فصل‌های ذیل عرضه می‌کند:

تاریخ تحولات و حوادث؛ جغرافیا؛ علوم قرآنی (قاریان و مفسران مدفون، رخدادهای قرآنی)؛ علوم حدیث؛ ادعیه و زیارت‌؛ مزارات و بقاع و تذکرةالمقابر؛ فقه و حقوق؛ کلام و عقاید (جریان‌های افراطی و اعتدال)؛ ادبیات (نثر، شعر، بقیعیات، شاعران مرثیه‌سرا)؛ ملل و نحل (ردیه و دفاعیه نگاری‌ها، منازعات، انشعابات فرق)؛ ادیان (یهود، مسیحیت، دیگر ادیان)؛ اقتصادی (ذخائر و گنجینه‌ها، خسارت‌های ناشی از تخریب)؛ دوره جاهلیت (ایام بقیع، اشعار دوره قبل از اسلام، معارک)؛ قضاء و جزاء (مجازات مخربین، قتل عام عمومی و مجازات عاملان، تشویق پاسداران میراث انسانی بقیع، مرمت کاران و عمران)؛ همایش‌ها و نشست‌های درباره؛ مراکز و مؤسسات و سمن‌ها؛ بقیع پژوهی؛ خاطره نگاری؛ نشریه ویژه (ایران، امریکا، جهان اسلام؛ اروپا)؛ موزه و موزه‌داری (اشیاء موزه‌ای مرتبط به بقیع)؛ هنر (فیلم، نقاشی، عکاسی و عکس و ...)؛ ضریح سازی؛ معماری ساختمان‌های بقیع؛ اسناد و مدارک مکتوب یا عکسی؛ کتابشناسی آثار؛ نسخه شناسی؛ مقاله شناسی؛ پایان‌نامه شناسی؛ مرجع نگاری؛ متون و اسناد دیپلماتیک؛ سفرنامه (متون، مسافران)؛ پایگاه‌های اینترنتی (سایت، وبلاگ، اینترنت)؛ ماهواره (شبکه‌ها).

قابل ذکر است لوح فشرده این دانشنامه که حاوی اسناد و مدارک جانبی است نیز تولید و عرضه شده است.