از زمان سروده شدن مثنوی معنوی به وسیلۀ خداوندگار مولانا جلال‌الدین تا امروز همۀ اندیشمندان صاحب‌دل و ارباب معرفت با غواصی در این دریای بی‌کرانۀ معنویت هزاران گوهر گرانبها به دست آورده و از این شاعر بزرگ به عظمت و بزرگی یاد کرده‌اند. مثنوی مولانا به تحقیق گنجی است رایگان برای ما فارسی‌زبانان که به زبان اصلی از آن بهره‌مند می‌شویم.
مولانا شارح کتاب آسمانی است. گاه مولانا آیات قرآن کریم را در مثنوی نقل و سپس تفسیری کوتاه از این ابیات را بیان می‌کند؛ برای مثال مولانا چند بار در مثنوی به آیۀ «ما رمیت اذ رمیت و لکنّ الله رمی» اشاره کرده و گفته است:
ما رمیت اذ رمیتم در حِراب من چو تیغم و آن زننده، آفتاب
وی با بهره‌گیری از این آیه و آیات مشابه آن، مسئلۀ فلسفی جبر و اختیار را مطرح کرده و در هر شش دفتر با حکایت و امثال مختلف آن را توضیح می‌دهد.
مولانا شارح احادیث نبوی است. او احادیث نبوی فراوانی از جمله دربارۀ انسان کامل آورده و با بیانی شیوا آن را شرح داده است؛ برای نمونه:
گفت پیغمبر که احمق هر که هست او عدوّ ما و غول رهزنست
هر که او عاقل بود او جان ماست روح او و ریح او، ریحان ماست
عقل دشنامم دهد من راضیم زآنکه فیضی دارد از فیاضیم
احمق از حلوا نهد اندر لبم من از آن حلوای او در تبم
مولانا شاعر پیام‌آوری است که همه را به وحدت و یگانه‌پرستی دعوت می‌کند و آدمی را از تفرقه و اختلاف و جدایی برحذر می‌دارد. مولانا می‌گوید زیربنای همۀ ادیان الهی یکی است و همۀ اختلافاتی که در طول تاریخ دیده می‌شود، از پرداختن به صورت‌هاست:
مثنوی ما دکان وحدت است غیر وحدت هرچه بینی آن بت است
در معانی قسمت و اعداد نیست در معانی تجزیه و افراد نیست
اتحاد یار با یاران خوش است پای معنی گیر، صورت سرکش است
هدف مولانا از داستان‌سرایی ساده‌کردن مفاهیم دشوار عرفانی برای مخاطبان خود بوده است تا به آسانی سخنان او را دریابند و از این دریای بی‌کران معرفت سود برند. او مثنوی را با داستان «عشق پادشاه به کنیزک» آغاز می‌کند و با بهره‌گیری از این داستان سعی می‌کند تقابل عقل و نفس را نشان دهد و خود نیز هدف از بیان این داستان را رسیدن ما به خودشناسی و نقد و بررسی احوال انسان بیان می‌کند.
یکی از مباحث اساسی که در مثنوی مولانا طرح می‌شود، «تقابل عقل و عشق» است. گاه عقل ستایش شده و در عالی‌ترین جایگاه قرار گرفته است؛ چنان‌که در حدیثی از پیامبر (ص) به این موضوع اشاره شده است: «اول ما خلق الله العقل». در حکایتی از مثنوی آمده که رسول خدا (ص) حضرت علی (ع) را به مصاحبت صاحبان عقل توصیه می‌کند:
گفت پیغمبر علی را کای علی شیر حقی، پهلوانی، پردلی
لیک بر شیری مکن هم اعتمید اندرآ در سایۀ نخل امید
اندرآ در سایۀ آن عاقلی کش نداند بُرد از ره ناقلی
این کتاب به شرح 32 حکایت از دفتر نخست مثنوی اختصاص دارد. روش شرح مثنوی در این کتاب، بیان برخی بیت‌ها و شرح و توضیح نکات دینی، عرفانی و ادبی مربوط به حکایت است.
در مراحل مختلف ویرایش سعی شده آیات، روایات و ابیات متن به نسخه‌های معتبر، ترجمه‌های دقیق‌تر و روزآمدتر و متون تصحیح‌شدۀ معتبر ارجاع داده شوند تا خوانندگان علاقمند افزون بر آشنایی با این متن‌ها در صورت نیاز به اصل آنها مراجعه کنند. ترجمۀ آیات قرآن بر اساس ترجمۀ بهاءالدین خرمشاهی، ترجمۀ نهج‌البلاغه بر اساس ترجمۀ فیض الاسلام، ابیات مثنوی بر اساس نسخۀ نیکلسون، دیوان حافظ تصحیح پرویر ناتل خانلری، شاهنامه تصحیح جلال خالقی مطلق، خسرو و شیرین و لیلی و مجنون تصحیح وحید دستگردی، کلیات شمس تصحیح بدیع‌الزمان فروزانفر، بوستان و گلستان سعدی تصحیح غلامحسین یوسفی و منطق الطیر عطار تصحیح شفیعی کدکنی هستند.
ارجاع ابیات مثنوی بر اساس شمارۀ دفتر و شمارۀ بیت فراهم شده است. هرجا که بیت با نسخۀ نیکلسون متفاوت بوده، در پاورقی به آن اشاره شده است.