محله خواجه خضر از جهت شمال به محله امیرچقماق، از جنوب به محله شش بادگیری، از شرق به محلات قصاب ها و پنبه کاران و از غرب به خیابان امام خمینی محدود می شود.
به استناد متون تاریخی، نام اولیه این محله " پای بور"  بوده است که به مناسبت دفن مولانا شرف الدین خضر یکی از علمای عهد آل مظفر در این محله بدین نام شهرت یافته است. مولف جامع مفیدی در ذیل معرفی محله خواجه خضر بیان می دارد:" زمانی که امیر مبارزالدین حصار شهر را ایجاد نمود بسیاری از محلاتی که خارج از آن بودند، داخل حصار شهر گردید که از جمله می توان به مزار شرف الدین خضر( خواجه خضر) اشاره نمود." وی همچنین ضمن معرفی مولانا شرف الدین خضر، اطلاعات جامعتری در خصوص محله مذکور آورده است. " ... در زمان حیات، خانقاهی مختصر و طنبی محقر در نهایت صفا و تکلف مزین به طلا و لاجورد در محله پای بور، مشهورا احداث نموده و پایابی از آجر پخته در میان خانقاه حفر نمود و آب سوی آن جاری کرد و چون آن عمارت در سنه خمسین و سبعانه ( 755 هجری ) اتمام پذیرفت، در شهور سنه ستین و سبعانه (760 هجری) بنای زندگانی آن جناب انهدام یافته، در طنبی مزبور دفن گشت."
امروزه نیز دایر بودن بناهایی چون حسینیه و بازارچه در این محله، نشان از رونق آن تا به امروز می باشد. شغل اکثر مردم این محله در گذشته نساجی و رنگرزی بوده که به مرور زمان منسوخ شده است. از عناصر شاخص این محله می توان به موارد زیر اشاره نمود:
1-آب انبار خواجه خضر
2-بازارچه خواجه خضر
3-حسینیه خواجه خضر
4-زورخانه خواجه خضر
5-بقعه خواجه خضر
(محلات تاریخی شهر یزد. محمدحسن خادم زاده. تهران: سبحان نور، ۱۳۸۸. ص 110-113).
نگارش: مژگان روحانی ( کتابدار کتابخانه وزیری).