مدرسه دومنار:
این مدرسه و کتابخانه آن از بناهای ابوجعفر علاء الدوله گرشاسب از آل کاکویه است که در 523 ق ساخته شده و چون دو منار بزرگ داشته، بدین نام مشهور شده است. آیتی یزدی نوشته است که این مدرسه چندین بار تعمیر و تجدید عمرات شده ؛ گویا مدرسه محسنیّه (قادریه) که بوسیله آخوند ملّا اسماعیل عقدایی در 1218 ق بازسازی شده و بنا به اصطلاح مورخان " زیر دو منار قرار داشته" همین مدرسه باشد.
مدرسه مصلی صفدرخان (مدرسه اسحاقیه، مصلی میرک بیگ)
از آثار اسحاق بیگ، معاصر شاه عباس اول صفوی . این مدرسه و مسجد وابسته به آن در سال 1036 ق در دو طبقه ساخته شده و از بزرگترین و جامع ترین مدارس علمیه یزد است؛ " مکانی است با وسعت فضا ودرکمال روح و صفا " طایفه مدرّسیّه یزد بیشتر دراین مدرسه به آموزش طللّاب مشغول بودند. درسده هشتم ق نیز بر این مکان مصلی اطلاق می شده است و شمس الدین محمّد تازیکو آن را ساخته است. ایرج افشار درباره اهمیت این بنا می نویسد : " مصلی همواره از مراکز تدریس و نیز زاویه ای برای گوشه گیران و طالبان علم بود.اکنون نیز حجراتش مسکن طلّاب و صحنش مدرس استادان علوم قدیم است و یکی از تاسیسات مذهبی مهم یزد به شمارمی آید. 
مدرسه شفیعیه
به همت میرزا شفیع در زمان شاه سلیمان صفوی در1102 در ضلع غربی میدان خان یزد ساخته شده است . عبدالوّهاب طراز یزدی، نام بانی آن را میرزا محمّد شفیع، حاکم یزد می داند؛ اما باستانی پاریزی درکتاب گنجعلی خان، بانی آن را میرزا شفیع وزیر کرمانی از دود مان گنجعلی خان دانسته است. ایرج افشار نیز معتقد بود چون میرزا محمّد شفیع وزیر در زمان تالیف جامع مفیدی فوت کرده بود، پس نمی توانسته بانی آن مدرسه باشد.
مدرسه خان
از بناهای خیر محمد تقی خان بافقی ، حاکم مقتدر یزد است که در 1186 ق در دو بخش مدرسه بزرگ و مدرسه کوچک ساخته شده است . طرب نایینی در جامع جعفری درباره ساخت و شیوه اداره مدرسه خان می نویسد: از جمله بناهای آن یکّه تاز "محمد تقی خان" مدرسه ای است واقعه در سر بازار تبریزیان، محاذی و متصل یک از دو درب قیصریّه مزبور که از ابنیه آن سعادت دستور بود، مبتنی بر دو طبقه علیا و سفلاکه به روی یکدیگر مشتمل بر بیست و هفت باب حجره که مسکن طلاب است و به علاوه حجرات بیست و هفت گانه طلبه ، سه مدرس دارد که مدرسان به موجب قرار داد، وظیفه مستمره در وجه ایشان شرایط تدریس به عمل می آورند. محمد تقی خان در 1188 ق مدرسه را وقف عام نمود و چون مدرسه بزرگ آن ناتمام بود، بعدها به وسیله فرزندش علینقی خان حاکم یزد تکمیل شد. در تواریخ یزد آمده که این مدرسه از رونق چشمگیری برخورداربوده است و همواره اعلم علمای اهل ولایت در مدرس آنجا تدریس می کرده اند. حجرات این مدرسه محل آمد و شد و محف بحث و مشاعره شاعران نامی دیار یزد مانند طراز و قضایی یزدی بوده است .
مدرسه عبد الرّحیم خان( مدرسه نو)
این مدرسه به وسیله عبدالرحیم خان ، فرزند دوم محمد تقی خان در بازار خان یزد ساخته شد. عبدالرحیم خان که بین سال های 1219 تا 1229 ق حاکم یزد بوده، به ساخت این مدرسه همت کرده است.عبدالوّهاب طراز در کتابچه موقوفات یزد از آن به عنوان مدرسه نو یاد کرده است.
مدرسه ملّا اسماعیل
این مدرسه در پیش صحن مسجد ملّا اسماعیل قرار دارد و از بناهای خیر آخوند ملّا اسماعیل بن عبد الملک عقدایی از علما و فقهای نامی یزد است که در 1222ق ساخته شده است. برای ورود به مسجد ، ابتدا باید از صحن مدرسه گذشت. مسجد و مدرسه در یک زمان و در بازار ملّا اسماعیل، واقع در جنوب میدان خان ساخته شده است؛ و به وسیله میرزا سلیمان طباطبایی از علمای یرد تکمیل شده است.
مدرسه شاهزاده ( مدرسه اشرفیه)
این مدرسه در 1240 ق با پشتکار شاهزاده محمّد ولی میرزا، پسر فتحعلی شاه قاجار در چهار سوق قدیم، در بازار نو نزدیک مسجد جامع یزد ساخته شده است. از خدمات بسیار ارزنده محمّد ولی میرزا تشکیل گروهی خبره برای خرید، تالیف، تصنیف، ترجمه و استنساخ کتب معتبر علمی و ادبی بود.چنان که پیشینیان نقل می کنند این مدرسه در میان مدارس علمیه یزد صاحب جامع ترین کتابخانه بوده است.
مدرسه بافق
از بناهای محمّد ولی میرزا است که در جنب مسجد جامع آن دیار قرار داردو برای رسیدن به صحن اصلی مسجد می باید از این مدرسه گذشت . این مدرسه دری هم رو به شمال دارد که به یک هشتی وارد می شود.    
(یزد؛ یادگار تاریخ (جلد دوم)/حسین مسرّت. تهران: یزدا، 1398.ص 31-34).
نگارش: رباب دشتی (کتابدار کتابخانه وزیری یزد).