بی درنگ پس از راه اندازی کتابخانه و درخواست بانی آن مرحوم وزیری از دارندگان اسناد و کتب خطی اندک اندک به غیر از کتاب تعدادی فرمان، نکاح نامه، مرقع و حتی اشیای نفیس و عتیقه به کتابخانه اهدا شد.  از سال 1367 ش. که وجود گنجینه ای در کنار کتابخانه به تصویب مدیران ارشد آستان قدس رسید شروع به خرید اشیا و آثار نفیس گردید. به موازات این کار تاسیس مرکز یزدشناسی که به همت جمعی از فرهنگیان و ارادتمندان مرحوم وزیری در سال 1374 ش. محقق شد، گروهی از مجموعه داران و علاقه مندان و نیکوکاران را ترغیب و تشویق نمود که اشیا و وسایل ارزشمند تاریخی و کهن خود را به گنجینه هایی که در جنب این مرکز قرار داشت بسپارند. به حدی که دیگر فضای وسیع تالار دوم کتابخانه مروج گنجایش نگهداری آنها را نداشت و اکنون که آن گنجینه به جایگاه اصلی خود واقع در طبقه همکف ساختمان جدید کتابخانه وزیری منتقل شده،  از وجود ده ها مرقع، صدها سکه، هزاران قطعه عکس از مراجع بزرگان علما و اماکن تاریخی یزد، ابزار و ادوات جنگی، عود سوفز ابزار و اشیایی توزین، سماور، لباس های سنتی و قدیمی، مهر و نگین انگشتری، تابلوهای نقاشی، قلمدان و وسایل تزئینی و هنری بهره مند است.
 
از برجسته ترین نفایس این گنجینه می توان به موارد زیر اشاره کرد:
1.    طومار کامل قران کریم به قطع بازوبندی به طول 60/5 متر و عرض 9 سانتی متر به خطی بسیار ریز اسماعیل بن علی نقی موسوی یزدی، تحریر 1199 ق بر کاغذ ترمه.
2.    وقف نامه مدرسه شاهزاده محمد ولی میرزا حاکم یزد تحریر 1221 ق به طول 30/2 متر و عرض 40 سانتی متر که در حاشیه آن 199 نفر از علما، بازرگانان، طلاب، بزرگان و خوانین یزد امضا یا مهر نموده اند.
3.    قباله ازدواج آقا محمد هراتی و خدیجه سلطان به تاریخ 1284 ق با مهریه هفت هزار تومان
4.    قباله ازدوج میزرا محمد صراف بمی و خدیجه سلطان خاتون با مهریه 210 تومان
5.    نمونه خطوط دانشمندان نامی اسلام مانند: علامه حلی، علامه مجلسی، شیخ بهایی، ملا اسماعیل عقدایی و ملا مهدی نراقی
6.    نمونه خطوط استادان خوشنویس ایران مانند: احمد نیریزی، میرعماد، درویش عبدالمجید طالقانی و عبدالوهاب طراز یزدی
7.    تعداد زیادی وقف نامه منشور، اسناد، قباله های دولتی، نقوش قدیمی، مرقعات، چهار فرمان از فتتحعلی شاه قاجار، شش نکاح نامه نفیس مذهب و 150 سکه ضرب دارالعباده یزد
) یزد یادگار تاریخ (جلد 2)/ حسین مسرت. تهران: یزدا، 1398.ص 604).
مژگان شکرریز یزدی (کتابدار کتابخانه وزیری یزد).