برخی از مهمترین چشمه های منطقه اصلی شیرکوه عبارتند از :
چشمه شغن: این چشمه در انتهای دره آشنایی قرار گرفته است. آب آن از کف حوضچه ای کوچک تامین می گردد. چشمه در سالی که دارای بارندگی مناسب باشد تا اواخر شهریور ماه آب دهی مناسب دارد.
چشمه دره بیدان: این چشمه در دره ای به همین نام قرار دارد. چشمه دره بیدان در سال‌های قبل چشمه ای پر آب بود، که زمین‌های کشاورزی پایین دست آن گواه آب دهی فراوان است. اما اکنون فقط در انتهای دره به صورت چشمه کوچکی سرسبزی و طراوت اطراف خود را تامین می نماید.
چشمه لاگردو پایین: چشمه در انتهای دره و میان درختان گردو و توت قرار گرفته تا اوایل فصل بهار آبشار کوچکی به داخل این چشمه می ریزد که باعث زیبایی و آب دهی بیشتر آن می شود.
چشمه بید کبکان: این چشمه تنها چشمه شیرکوه است که دارای استخر است و اطراف آن زمین‌های کشاورزی به چشم می آید. در گذشته محل اطراق گوسفندان بوده است. آب آن هميشگي و مناسب است. اين چشمه بر سر راه چند دره قرار دارد. از جمله دره های کل کوت، تیره افتخاری، گردو پایین و ملاحاجی، خط الراس شیرکوه از گردنه ملاحاجی تا دره انجیر مشرف بر این چشمه است.
چشمه صیادی: چشمه کوچک فصلی است که تا پایان مهر ماه دارای آب هست و همان طور که از نامش بر می آید چشمه ای صیادی است و به همین نام هم معروف شده، در مسیر دره ملاحاجی به چشمه بید کبکان قرار دارد.
چشمه آب خواجه: این چشمه دارای موقعیت شمالی نسبت به پناهگاه است. به لحاظ آب دهی مناسب بوده و برای تأمین آب محله شیخ علیشاه، آب آن را با حفر تونل به آب مزرعه وصل کرده اند و سپس به وسیله لوله پلی اتیلن از طریق دره گردوی بالا به شیخ علیشاه انتقال داده اند. قبلآ از آب این چشمه، برای آبیاری زمین‌هایی که عدس و نخود کاشته می شد، استفاد می کردند ولی با کم شدن آب و عدم جریان آب در سطح زمین و عبور آن از داخل تونل این کار صورت نمی گیرد. مگر آبی که از ذوب برفها تا اواخر بهار در کنار محل تونل جریان دارد.
آب مزرعه: جریان آب این چشمه در میان دره ای به همین نام روان است چند آغل گوسفند و منطقه ای سبز و یک ساختمان مربوط به نگهداری لوله آب در کنار چشمه است. آب این چشمه چند سال پیش در سطح جریان داشت و به طرف دره گردوی پایین می رفت که در حال حاضر داخل لوله و به منبع آب در انتهای محله شیخ علیشاه می رود و اصلا آبی در سطح ندارد.
چشمه آب زرده: این چشمه کوچک که به وسیله لوله ای کوتاه آب آن به نزدیک پناهگاه آورده می شود، بیشترین استفاده را برای کوهنوردان دارد. آخرین چشمه تا قله است و در تمام طول سال آب آن جریان دارد و قسمتی از آن به داخل دره توره بزرگ می ریزد. چشمه دیگر در مسیر صعود در منطقه دره سوسن زیر دیواره که به نام چشمه خونی معروف است و آخرین چشمه برای صعود به قله از این مسیر است.
(کوهستان شیرکوه: ارزش‌ها و تهدیدها/ دکتر محمدحسین ایران نژاد پاریزی. یزد: دانشگاه یزد، ۱۳۹۱).
نگارش: مژگان روحانی ( کتابدار کتابخانه وزیری).
