حکومت قاجار، داراي ساختار سیاسی و اقتصادي بر محوریت استبداد فردي بود. چنین ساختار استبداد فردي، مختص این نظام سیاسی اقتصادي نبوده، بلکه مسئلهاي موروثی در تاریخ ایران است که این نظام نیز در به دست آوردن قدرت و هم در ادامه دادن آن به این استبداد و تحمیل قدرت متوسل شده است. ویژگی دیگر این گونه حکومتها، دادن رنگ و بوي الهی، یعنی تقدس بخشیدن به خود و حکمرانی خویش است؛ حکمرانی قاجاریه با آقا محمد خان شروع شد. فتحعلی شاه که بعد از عموي خود آقا محمدخان به حکومت رسید، پس از سرکوب مخالفین حکومت، به سال 1212هـ.ق.1801م در تهران تاجگذاري کرد. دربین فرزندان پرشماري که فتحعلی شاه داشت، پسران بزرگ او چهار نفر بودند که به ترتیب محمدعلی میرزا، محمدقلی میرزا، محمدولی میرزا و عباس میرزا بودند.از جمله فرزندان فتحعلی شاه، محمدولی میرزا پسر سوم فتحعلی شاه، متولد 1203 هـ.ق./1789م. در قصبه نوای لاریجان متولد شد ، او در 11 سالگی 1214 هـ.ق./1799م. به عنوان والی سمنان انتخاب شد. سمنان آرام ترین منطقه ایران آن زمان بود که یک والی میتوانست در آنجا حکمرانی کند. محمدولی میرزا در سمنان به فراگیري آموزشهاي نظامی و آموختن و تربیت علمی مشغول شد. حکومت قاجاریه، نزدیک به 132 سال بر ایران حکومت کردند، این مسأله اهمیت این حکومت و بررسی نحوه شکل گیري و استمرار حکومت را طلب می کند. از جمله افرادي که نقش مؤثري در این حکومت داشته محمدولی میرزا فرزند سوم فتحعلی شاه است.
مدرسه علمیه امام خمینی(ره) مربوط به دوره قاجار است و در تاریخ ۲۷ دی ۱۳۷۷ با شمارهٔ ثبت ۲۱۸۵ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.این مدرسه در یزد در خیابان مسجد جامع، کوچه دارالشفاء این شهر قرار دارد. براساس منابع موجود بانی مدرسه امام خمینی(ره)، شاهزاده محمد ولی میرزا حکمران یزد بوده است.
تاریخ ساخت این بنا با توجه به شعر محمد ولی میرزا پورشه (بودبانی این همایون بنا) به حساب حروف ابجد سال 1240 می باشد. وقفنامه مدرسه که اکنون توسط محمد جعفربن محمد حسین نایینی، مولف جامع جعفری، نگاشته شده و دارای تاریخ 1241 است، اکنون در کتابخانه مسجد جامع یزد نگهداری می شود. یعنی ساختمان مدرسه متعلق به نیمه اول قرن سیزدهم است. این بنا که قبلا به مدرسه شاهزاده شهرت داشته در دهه های گذشته مدتی نوانخانه شهر بوده و در سال های پس از انقلاب اسلامی مورد مرمت و بازسازی قرار گرفته است. امروزه این بنا یکی از مدارس علمیه بزرگ شهر یزد می باشد. ساختمان بخش شمالی مدرسه در قدیم مدرسه زنانه بوده و در حال حاضر به مدرسه کوچک معروف است.
وقف نامه مدرسه شاهزاده محمد ولی میرزا پسر فتحعلی خان قاجار دارای 199 مهر و امضاء از طرف تاجران، علماء، طللاب، خوانین و....بر حواشی سند که مهر تصدیق بر آن نمودند در موزه کتابخانه وزیری شهر یزد موجود می باشد که بسیار زیبا و نفیس و با خط خوش به زبان فارسی مزین شده است.
نگارش: رباب دشتی ( مسئول امور موزه کتابخانه وزیری یزد).