در میان سازه های تازه ای که در دوره اتابکان به شهر افزوده شد، می توان از بازار کناری مسجد جامع نام برد که برای امیر شمس الدین، فرزند رکن الدین ساخته شد. با اینکه آیتی ساخت دارالشفا را به امیر شمس الدین وابسته دانسته؛ ولی قلمسیاه و افشار بر این باورند که این بنا در سال 666 هجری و از سوی فردی به نام شمس الدین تازیکو ساخته شده است. با توجه ه اینکه امیر شمس الدین در سال 743 یا 746 هجری مرده، این تاریخ پذیرفتنی است. این ساختمان سده هفت یا هشت جدای از خاستگاهش، همتای آن در هیچ جای دیگر دیده نشده است. امروزه آن را محله دارالشفا می نامند و در بخش جنوب خاوری خیابان مسجد جامع قرار دارد. امیر مظفر، متحد یوسفشاه، در سال 685 هجری از کار کناره گیری کرد و در 694 به غازانخان پیوست. در سال 700، از دختری که از خانواده خان به ازدواج درآورده بوده، دارای فرزندی پسر شد. این پسر، امیر محمد مظفر نام گرفت  و خاندن مظفریان را در یزد بنا نهاد. سلطان الجایتو، در سال 703 به طور رسمی از امیر مظفر پشتیبانی کرد. با وجود این، سید آزاد را بعنوان جمع کننده مالیات (فرمانده) در یزد برگزید. امیر مظفر، در سال 713، عرب های شبانکاره را فرونشاند. وی، در همانجا درگذشت و در میبد، شهری از استان یزد، به خاک سپرده شد. چهار سال بعد، ابوسعید بهادر خان، پسر الجایتو، میر محمد را به زمامداری میبد برگزید و در سال 718 فرمانروایی یزد را به او سپرد. شواهد گویای این است که دوران مظفریان دوره رشد و گسترش یزد بوده است. مظفریان، با همه خشونتی که داشتند، توانستند موقعیت سیاسی، توانایی اقتصادی و گسترش شهر یزد را برکشند. دو سال پس از روی کار امدن دولت امیر مظفر، آموزشگاه هایی همچون مدرسه کمالیه در کوی شاه ابوالقاسم بازسازی شد. ساخت و ساز مسجد جامع، تنها شش سال پس از آن آغاز شد، مدرسه و رصد خانه رکنیه نیز در در سال 725 ه بنیاد شد و مدرسه الهیات (مصلای عتیق) و مدرسه رشدیه نیز در همان سال به پایان رسید. وقت الساعات، که پیش از این نیز از آن یاد شد و مسجد گودال مصلا نیزد در همان سال ساخته شد. سالهای پس از آن نیز ساخت و سازهای گوناگون در یزد دنبال شد. مدرسه حسینیان، در سال 726 ساخته شد و کتابخانه شمسیه، به سال 727 در کوی چهار منار آغاز به کار کرد. این کتابخانه را پسر رکن الدین، شمس الدین بنا کرد. سلطان ابوسعید، پسر الجایتو، شمس را وزارت گماشت. امیر محمد، در راه برتری خواهی روزافزون ملی، در سال 729 پسرش امیر مبارز الدین مظفر را به ازدواج مخدومشاه دختر شاه جهان در آورد. مظفریان توانستند شهری با شکوه با استحکاماتی توانمند بسازند تا بتوانانند چند سال بعد اعلام استقلال کنند. این رویکرد، نیازمند ددمنشی بیشتری بود و همانگونه که قلمسیاه نیز یاد می کند، توانستند با پنهان شدن در لباس مذهب، سختی ها و مرگ میر فراوانی برای مردم شهر به بار آورند. در دوره مظفریان، یزدیها بیننده گسترش شهر خود بودند، ولی روح آنها از حکومتی آزرده بوده که بی توجه به هزینه ای که پرداخت می کند تنها هدفش رسیدن به قدرت بود. روزگار اقلیت های مذهبی در این دوره روشن نیستولی قلمسیاه داستانی از امیر محمد یاد می کند که نشانگر کشتن صدها اوقانیان با دستان خودش بوده که همه در یک روز رخ داد. همچنین گفته شده است که او از شاعر بزرگ سده هشتم خورشیدی، سعدی بیزار بوده و آثار وی را پر از گناه می دانسته است. پس از مرگ ابوسیعد در سال 736 ه. امیر محمد اعلام استقلال کرد و خندق های پیرامون میبد را گسترش داد. آنگاه استحکامات پیرامون یزد را نیز بازسازی کرد. آیتی می گوید: نتیجه ساخت و سازهای وی، به ایجاد شهری نو انجامید و دیواری که هنوز در نگاره ها دیدیه می شود نیز در همین زمان ساخته شد. خندق بزرگ پیرامون این دیوار تا سده بیستم نیز وجود داشته و تنها چند سال است که از پرکردن آن می گذرد و جای خود را به پارک ها و خیابان های آسفالت داده است. میان سال های 736 و 750ه، مظفریان توانستند بخش مهمی از ایران را از آن خود کنند و پهنه فرمانروایی خود را از بخش جنوبی شهر بم در استان کرمان و از شیراز تا عراق، لرستان و تبریز گسترش دهند. معتضدالدوله از مصر فرمانروایی ایران را به امیر مبارز الدین محمد سپرد و به آن مشروعیت کامل بخشید. حکومت وی شصت سال به درازا کشید. امیر محمد در سال 765ه مرد و پسرش شاه محمود، فرمانده یزد شد ولی شاه یحیا نوه امیر محمد، که فرزند پسر دیگر او، یعنی شاه مظفر بود عموی خود را در سال 776از این شهر تبعید کرد. شاه یحیا، پیش از این، با ازدواج با دختر عموی دیگرش، شاه شجاع، فرمانروای شیراز، با وی همدست شده بود. شاه یحیا با پیروی از راهی که پدرش در پیش گرفته بود از فرمانروایان نیکوکاری شد که تا آن زمان بر یزد فرمان رانده بودند. کشتزارهای فراوانی در بیرون شهر و آثار برجسته یی در درون یزد ایجاد کرد. از میان آنها، می توان به مسجد شیر شاه در کوی قلعه کهنه نام برد که هنوز پابرجاست. وی همچنین به ساخت مصلای نو نیز دستور داد (مدرسه علوم دینی تازه). این ساختمان نخست، با کاربری بازی چوگان ساخته شد ولی زمانی که فرمانروای شهر به پیری نزدیک شد به مسایل مذهبی روی آورد و این جای بازی را به مدرسه مذهبی واگردان کرد. قرار گرفتن این مدرسه در بیرون از دیوارهای شهر نشانگر هدف آغازین آن است، گفتنی است که در داخل شهر هیچ فضای بازی به اندزه ساخت چنین زمین بازی چوگان وجود نداشته است. کسان بسیاری در دوران صفویان دست به بازسازی و گسترش این بنا زدند. آبشاهی، زیستگاهی بود که در بخش جنوب خاوری شهر بپا شد. گفته می شود که شاه یحیا بنیان گذار این کوی بوده است. وی بعدها و در زمان فرانروایی خود بارها با پدر زن خود، شاه شجاع، رویاروی یکدیگر قرار گرفتند. به دلیل برخوردهای نظامی که به دستور شاه شجاع صورت می گرفت، شاه یحیا تصمیم گرفت تا راه آب تفت را بگرداند و موجبات گذر آن را از بخش خاوری شهر فراهم کند. بدین روی خندق ها پر شد. از این راه آبی، بعدها کشاورزان، برای بهره بردای کشاورزی، به کار گرفتند که امروزه بخشی از شهر شده است. امیر تیمور، با از میان برداشتن شاه یحیا و کشتن شمار بسیار از خانواده اش به فرمانروایی مظفریان پایان داد (795 تا 79 هجری). پیش از آنکه تیموریان به پیروزی نهایی برسند، یزد چهارده ماه به محاصره نظامی درآمد. پایداری چهارده ماهه یزد در برابر چنین دشمن بزرگی، نشان دهنده استحکامات توانمند آن و توانایی فراوان در ذخیره سازی مواد غذایی بود. آمدن تیموریان، نتوانست بر ساختار شهری یزد آسیب بسیاری بزند. پس از یک دهه فرمانداری محلی، فرمانروایی منطقه تصمیم به برگماری فرماندهان تازه گرفت که بیشتر آنها یزدی نبوده، از بسیاری لحاظ، به شیوه زندگی آنها آشنا نبودند. تیموریات با فروگرفت شهر نخستین پروژه ساختمانی خود را آغاز کردند. نارین قلعه در همین زمان ساخته شد و تا دهه 1990 فرمانداری شهر بود. با چشیدن مزه پیروزی، این گروه کوشیدند تا با ساخت آن بنا، از پایداری سندلی فرمانروایی مطمئن شوند. بدین روی با آن که می کوشیدند دیوار بسیار استواری برای شهر بسازند، از ساخت نگهبان استواری برای خود غافل ماندند. نبود چنین ساختاری، نشانه دوری یزد از گرایش های ملی بوده اتس. چکسی می گوید: بیشتر شهرهای ایران در زمان تاخت و تاز عرب ها، دارای سبک بارومانند داخلی برای نگهبانی از مسند حکومت بود. ولی یزد تا سده نهم هجری چنین استحکاماتی در جایگاه زندگی حاکمانش نداشت بنابراین می توان گفت: یا یزد در آن زمان بخشی از رویارویی های مسلح و نظامی کشوری نبوده و یا بر پایه آنچه منطقی تر به نظر می رسد فرمانروایانی که به ویژه از مردمان شهر برگزیده می شدند به جداسازی خود از ساکنان شهر نمی پرداختند. با این همه فرمانروایان بیرونی، یعنی تیموریان، به ساخت منطقه ای در داخل شهر نیاز داشتند تا خود را از دیگران در امان دارند. این روند، ساخت بنایی برای نگهبانی از فرمانروایان را بایسته کرد. زمینی که برای این کار گزیده شد، در بخش خاوری درون شهر بود و تنها چند کیلومتر از مسجد جامع دور بود که به لحاظ تدابیر لجستیکی، به جاده بازرگانی جنوب دسترسی نداشت و به فرماندهان پروانه می داد تا در صورت پدیداری هرگونه خطر، بی درنگ به بیابان های شمالی پناه ببرند. هنگامی که ساخت نارین قلعه در سال 808ه. پایان یافت، یزد به طور رسمی از کنترل و دستان یزدی ها بیرون شد. تا زمان فرمانروایی امیرچقماق، حاکم دوست داشتنی تیموریان، که توانست توجه و علاقه گسترده و ژرف یزدی ها را به خود جلب کند، کسان بسیاری به فرماندهی یزد گماشته شدند؛ ولی، امیر دوبار بر یزد فرمانروایی کرد. در دوره نخست، وی طرح ساخت بازار و کاروانسرا و خانقاه (خانه صوفیان) را برنامه ریزی کرد. در سال 811 و 812 ه. امیر برای بار دوم به یزد بازگشت. همسر وی دستور داد تا مسجد جامع، بار دیگر بازسازی شود و امیر نیز مسجد جدیدی با نام خود، ولی خارج از دیوارهای شهر و در بخش جنوب خاوری بنا کرد. مسجد امیرچقماق در سال 841ه. به پایان رسید و واپسین اثری شد که در زمان این حاکم محبوب بنا شد. نقش وی در بازسازی و گسترش شهر، بی تردید مهم ترین عامل دردیدگاه سومین جهانگرد نامی، جوزفا باربارو، بود که در سال 1474 میلادی از یزد دیدن کرد. باربارو، برخلاف فریار اردیکس، پس از دگرگونیهای بنیادی و رونق اقتصادی یزد، از آن بازدید کرد. یکی از رخدادهای مهم در سده پانزده میلادی دیدار دختر سلطان سنقر از یزد بود. با دعوت امیرچقماق، وی از شهر بازدید کرد و بر پایه نوشته های آیتی، این دیدار بر رونق شهر افزود؛ زیرا فرمانروایان، پوشاک خود را از پارچه های بسیار گرانبها تهیه می کردند. این، به نوبه خود، سبب گرایش بیشتر به بازرگانی و بر پایه یک بازار نو در نزدیکی دروازه مهریز شد که هنوز پابرجاست. پس از امیر چقماق، امیران دیگری نیز روی کار آمدند ولی، از ساخت و ساز شهری نقش چندانی نداشتند. گفتنی است میدان کنونی شهر به نام امیرچقماق و همچنین مناره هایی که در خاور میدان وجود دارد در دوره وی ساخته نشد. بیشتر این ساختمان ها، در طول دو سده گذشته افزوده شده است ولی، در میانه های سده نهم هجری، فرماندهی به نام حاجی قنبر جهانشاهی بازار معروف حاجی قنبر را در گوشه ای از میدان امیر چقماق ساخت. این بازار، در سال 861ه. به پایان رسید و از بخش هایی از آن همچنان بهره گیری می شود. از سال 855 تا 858 ه.، تیموریان با شاهر خیان در جنگ شدند و یزد به گرفتاری های اقتصادی فراوانی دچار شد. گویی که این خسارت برای شهر بسنده نباشد، سیل زیانباری در سال 860ه. بار دیگر شهر را ویران کرد. از این سیل، مدرسه علوم دینی سراسر نابود شد وتنها امامزاده جعفر بجای ماند. دیگر ویرانی های بارآمده چنین بود: کوی دهوک، کوچه خطیر و باغ های فراوان آن و بسیاری از ساختمان های معروف که بیشتر در بخش جنوبی شهر کهن قرار داشت. از این تاریخ، تا سال 907ه. یعنی زمانی که شاه اسماعیل صفوی در ایران به پادشاهی رسید یزد دچار ناکامی های اقتصادی، سیاسی و طبیعی بسیاری شد. گرچه برآورد شمار افراد کار چندان آسانی نیست ولی، بنا به گفته آیتی در این دوران، بسیاری از مردم یزد این شهر را ترک کردند. (نزدیک به یک سوم مردم شهر). با این همه، این رخداد اندوهبار، در گزارش بازدیدکنندگان یزد نیامده است. جوزفا باربارو، نوزده سال پس از سیل به یزد آمد و او هم در نوشته های خود یادی از درد و رنج شهر یا ویرانی فراگیر آن نکرده است. پیامد ساخت و سازهایی که در چند دهه پس از آن صورت گرفت و اقتصاد پربار بجا مانده از زمان امیر چقماق، باربارو شهر را از دید کیفیت پوشاک، بسیار غنی می داند. همچنین، می گوید که این شهر دیوار پنج مایلی و زمین های کشاورزی بسیار گسترده ای داشته است. وی بسیار تحت تاثیر چندی و چونی پارچه های ابریشمی قرار گرفته و می گوید: که در این شهر، صادرات بسیار پویا بوده و بیشتر پارچه های ابریشمی تولیدی به کشورهایی مانند هند، چین و آسیای مرکزی صادر می شده است. باربارو، به گستردگی، به شرح چگونگی فروش کالاها به کاروان ها و قانونمند کردن این  روند پرداخته است. با اینکه تاریخ نگاران ایرانی، مانند آیتی، چندان به بررسی و بازنگاری رخدادهای پس از سیل تا روی کارآمدن صفویه نپرداخته اند، ولی گفتنی است که کیفیت زندگی در یزدف برخلاف آنچه انتظار می رود، چندان هم از رونق نیفتاد. ساخت بازار حاجی قنبر، یکی سال پس از سیل، گویای سازگاری و تلاش پیگیر یزدی ها بوده است. برخلاف دیگر بازدید کنندگان خارجی، باربارو، از اقلیت های مذهبی، مانند یهودیان یاد کرده، یادآوری میکند که یزد یکی از دیرینه ترین سکونت گاه های این قوم است. وی، همچنین می گوید که یهودیان تبریز نیز در آغاز، در این منطقه زندگی می کرده اند که به نوبه ی خود، گویای سکونت دراز مدت آنها در شهر یزد است. همانگونه پیش از این نیزد یاد شد، با اینکه هیچ شکی درباره زرتشتیان این شهر وجود ندارد، تاریخ شناسان ایرانی، کمتر از وجود یهودیان ایرانی یاد کرده اند. باربارو، به روشنی یادآور می شود که این اقلیت، چندان هم کوچک و دور از چشم نبوده ولی از شمار آنان گفتار دقیقی به میان نیاورده است.
 (معماری شهر یزد (دیروز – امروز – فردا)/ علی مدرس. تهران: یزدا، 1390.ص 52-63).
نگارش: الهه شهبازی (کتابدار کتابخانه وزیری یزد).