همزمان پادشاهی شاه اسماعیل، تشیع، مذهب رسمی ایران شد. این گرایش مذهبی، به ابزار سیاسی توانمندی برای شاه اسماعیل تبدیل شد تا با آن، برای همیشه میان ایرانیان و عرب ها و دیگر فرمانروایان مسلمان ایرانی، از جمله ترک های عثمانی، جدایی بیفتد. این نخستین جنبش قدرت گرا در کشوری بود که با وجود نیرویی متمرکز و استوار و فرماندهان توانمند عثمانی در آناتولی، بسی درمانده شده بود. زمانی که اروپاییان در جایی بیرون از مرزهای کشورهای دینی، به جستجوی سرنوشت خود افتادند، ایران نخستین گام را به سوی توانمندی دینمدرانه برداشت که به آمیختگی مذهب تشیع با فرهنگ ایرانی انجامید. سرنوشت اقلیت های دینی، از جمله زرتشتیان، بزودی پیچیده تر شد. با دگرشدن فرقه مذهبی، سه گروه اجتماعی که چکسی دسته بندی کرده بود، یعنی فرمانروایان عرب، همدستان ایرانی آنها و ایرانیان تازه کیش، یزدیان که زیر فرماندهی آل بویه بودند، با اصول تشیع آشنا شدند و در فرمانروایی صفویان، بیشتر آنها به این مذهب گرایش پیدا کردند. در زمان پادشاهی مظفریان، یزد گسترش بسیاری پیدا کرد و پروژه های بزرگ شهری بسیاری در زمان فرمانروایی صفویان سرانجام یافت. جدیترین کارهای صفویان در دوره شاه تهماسب، پسر شاه اسماعیل انجام گرفت. فرماندهی یزد به داماد شاه تهماسب، نعمت الله باقی سپرده شد. ساختمان درخور، به نام عباسیه در نزدیکی خانه دوره تیموریا ن ساخته شد که متعلق به امیر غیاث الدین علی بود. این ساختمان پشت میدان شاه آن روز (میدان قیام امروز) قرار دارد. این، نشان می دهد که در آغاز دوران صفویان، یزد در زمانی کوتاه توانست به گستره یی برابر با پهنه آن در سال های آغازین سده بیستم دست پیدا کند. میدان شاه (میدان قیام) خاوری ترین ساختمان شهر بود و به یاد شاه تهماسب، این گونه نام گرفت. آن میدان، در کنار میدان قیام کنونی قرار داشت ولی تا زمانی که آیتی در سال 1938 درباره آتشکده یزدان بررسی می کرد، تنها خرابه هایی از دیوارهای آن بازمانده بود. در سال 1002 هجری، یعنی زمانی که شاه عباس در اوج توانمدی بود، ساخت و ساز بناهای تازه ای همچون مدرسه شفیعیه آغاز شد. همچنین آب انبارهای بسیاری به شهر افزوده شد. دگرگونی های ساختاری یاد شده، به رشد جمعیت و نیاز روزافزون به مدرسه و توسعه بازرگانی انجامید. آب انبار، در برابر آب روان، کاربردهای بیشتری داشت زیرا دسترسی شهر را حتی در زمان جنگ به آب آشامیدنی فراهم می کرد. طاهری برآورد کرده که در دوره صفویان، جمعیت یزد، کمابیش یکصد هزار نفر بوده است. چنانچه این رقم درست باشد جمعیت و گستره شهر دو برابر سده پس از آن بوده است؛ زمانی که بازدیدکنندگان خارجی مانند ابوت، جمعیت یزد را 35 تا 40 هزار نفر برآورد کرده اند. در دوره صفویان، مشاغل دولتی جدید و شایانی ایجاد شد که در حقیقت گونه ای از جامعه پلیسی، در چارچوب کلانتری بود. بد نیست بدانید که رقابت برای گماشتن سرپرست بر کوی زرتشتیان تنگاتنگ بوده است. با اینکه آیتی دلیل آن را نگفته، ولی افشار می گوید با روی کارآمده تشیع در ایران، صفویان کسانی را برای سرپرستی بر زرتشتیان گماشتند تا از پایمال شدن حقوق آنها، جلوگیری شود. تاریخ شناسان مسلمان، درباره وضع اجتماعی و اقتصادی این جمعیت و دیگر اقلیت ها در یزد توجه اندکی داشته اند. با این همه، این حقیقت که زرتشتیان جمعیت پراکنده گسترده ای دارند در خور توجه بوده گویای آن است که پس از چیرگی اسلام نیز باید از آنها پشتیبانی شود. چکسی می گوید: با آغاز سده دوازدهم میلادی، زرتشتیان بازمانده از جمعیت شهری، برای نگهداشت خود، در کوی های ویژه ای گرد آمدند. وی همچنین از این حقیقت یاد می کند که در این زمان، برخی به کیش تازه گرویدند یا جوامع روستایی ویژه خود را تشکیل دادند. با این همه، گروهی نیز به دین خود واماندند و گرایش چندانی برای مسلمان شدن از خود نشان ندادند. بر پایه گفته های چکسی با آمدن مذهب تشیع، تازه مسلمانان برای خود ساختمان های ویژه مانند مساجد بنا کردند که برخی از آنها بر ویرانه نیایشگاه های گذشته زرتشتیان بنیاد شده است. برای نمونه مسجد جامع یزد بر پرستشگاه زرتشتیان بنا شده که در زمان ساسانیان ساخته شده بود. در زمان صفویان زرتشتیان یزد محله ای ویژه در جایی به نام پشت خان علی (خانه علی)بنا کردند که بنا به یافته های افشار، پیش از گرایش ایران به مذهب شیعه، پشت خانه عمری نامیده می شده. این محله، رفته رفته، جای سکونت دو گروه اصلی آتش و وَرَهرام (بهرام) در ایران شد. افشار، گواهان تاریخی بر چگونگی آمدن این آتش به یزد، یافته است. با این همه، وی همچنین یادآور شده که آتش اصلی ورهرام یزد در کسنویه، محله یی در حومه شهر، نگهداری می شده است. این محله در گذشته بیرون از دیوارهای شهر یزد قرار داشته و جای این آتشکده، بعدها به مسجد واگردان شده است. دیدگاه افشار درباره چگونگی آمدن این آتش به یزد، توانست هاله های ابهام برانگیز بیشتری را درباره چگونگی زندگی زرتشتیان در پیش از آمدن اسلام، برکنار سازد. روش است که زرتشتیان هند در ساخت پرستشگاه های تازه و همچنین سرمایه گذاری پیوسته در این راستا، نقش کارایی داشتند. این روند، آگاهی ما را درباره چگونگی زندگی زرتشتیان در شهر افزایش می دهد. به احتمال فراوان در زمان صفویان، زرتشتیان شهر یزد و کویهای پیرامونی آن با یکدیگر و با همتاهای خود در هند پیوند مالی و بازرگانی داشته اند. این می تواند روشنگری درباره ثروت نسبی آنان باشد که با توجه به انزوای آنها و شمار زرتشتیان در زمان صفویان، چندان هم فراخور نبوده است. شبکه هموندی بازرگانی و فرهنگی با هند زمینه گسترش بازرگانی دولت انگلستان با ایران را فراهم کرد تا از این راه در سده نوزدهم فرصت های اجتماعی و اقتصادی بیشتری در هر دو کشور برای زرتشتیان ایجاد شود. از این رو، یزد و جمعیت زرتشتی آن در دوره قاجار به دروازه بازرگانی تبدیل شد.
در سده نوزدهم، کسانی همچون ادوارد براون از این شهر دیدن و بویژه از جمعیت زرتشتی آن یاده کرده و گفته اند؛ به دلیل یادآوری کسانی همچون پییترودلاواله، سر توماس هربرت، تاورنییر، اولاریس و سرجان کاردین ، همتاهای هندی زرتشتیان بوده که توانسته اند با این افراد در یزد آشنا شوند. اینان، نامورانی بوده اند که در سده هفدهم به این شهر مسافرت کردند و توانستند آگاهی اندکی درباره زندگی زرتشتیان شهر یزد به دست دهند. کاردین که بیش از دیگران در ایران باشنده بوده و داده هایی درباره جمعیت ارمنی اصفهان نیز به دست داده، درباره زرتشتیان ( یا گبرها) سخن چندانی نگفته است. بر پایه آگاهی های اندکی که امروزه داریم. بدرستی نمی دانیم که دوره صفویان و رسمیت یافتن مذهب تشیع، چه پیامدهایی بر زندگی زرتشتیان داشته است. برای درک وضع زیستی این اقلیت و اوضاع اقتصادی و اجتماعی محله آنها در سده هفدهم، باید بررسی های بیشتری صورت گیرد. در دوره فرمانروایی کوتاه مدت افغانها در ایران، یزد در حکمرانی عنایت سلطان قرار داشت که دراز مدتی توانست در برابر محاصره تاب بیاورد. البته، به لطف آب و غذای انبار شده در شهر و رشته دیوارهای نگهبانی توانست ایستادگی کند ولی در پایان دستگیر و در سال 1142ه به دست اشرف افغان کشته شد. خان های یزدی، بیشتر از نسل عنایت سلطان هستند. این خاندان به مهمترین جوانمردان و نگهبانان شهر تبدیل شدند. یزدیان، به دلیل جنگ های شجاعانه یی که در برابر اشرف افغان انجام دادند در زمان نادرشاه با گونه ای اقتصاد شکوفا روبه رو بودند. یزد به مدت سه سال از دادن مالیات معاف شد. زمانی که اربابان ملوک الطوایفی، رفته رفته در دوره های افشاریان و زندیه در شهرهای ایران برآمدند یزد بار دیگر و زیر پرچم فرمانده ملوک الطوایفی محلی، به نام محمد تقی خان (معروف به خان بزرگ) و خانواده اش دارای دولت محلی توانمندی شد. با آنکه این خانواده در اصل از بافق بودند ولی کوی مالمیر را برای زندگی برگزیدند و بخش های بسیاری از یزد را نوسازی کردند و گسترش دادند. برای نمونه، باغ شناخته شده ای به نام باغ دولت آباد از سوی خان بزرگ ساخته شد و در سال 1172 ه زمانی که کریمخان حاکم بزرگ زندیه به یزد سفر کرد این باغ گسترش داده شد. ساختمان اصلی باغ که امروزه یکی از مناطق جهانگردی بخش باختری شهر شمرده می شود در بیرون از دیوارهای شهر است که در آغاز برای سکونت و پذیرایی ساخته شده بود. آیتی می گوید: که شیوه معماری این بنا به دوره ساسانیان بر میگردد و خان تلاش کرد تا در طراحی عمارت اصلی از طرح تاق کسرا پیروی کند. بیشتر گردشگران از جمله ادوارد براون در سفرنامه های خود از این باغ یاد کرده اند. این ساختمان یگانه، نشانگر پیدایش معماری سکولار و اهمیت آن در چشم انداز شهری غیر مذهبی بود. پافشاری درخشان و گرایشهای روشن برای بزرگداشت گذشته پرافتخار، با گسترش دوره امپریالیسم غربی و برتر شمردن ساختارهای نوشته شده درباره تاریخ سرمایه داری گروه های فرهنگی درهم آمیخت. دوران زندیه و بویژه قاجار را می توان خاستگاه ناسیونالیسم نوین در ایران دانست. در حالی که کاشانی ثابت می گوید: معماری ناسیونالیستی در ایران به سده های نوزده و بیست پیوند دارد. دلیل درونزای این نیاز را می توان بدنامی سیاسی و اقتصادی سده هجدهم دانست. کارهایی که خان بزرگ در این شهر انجام داد فراوان است از جمله مهمترین آنها می توان یاد کرد به: 1-کاریز دولت آباد 2-میدان خان و آب نمای آن،قیصریه 3-مدرسه خان که بخش بزرگ آن را پسرش ساخته است 4-ساختمان جنت آباد با آب انبار آن که در بخش شمالی شهر و نزدیک به دروازه سید گل سرخ برای مسافرانی که به مشهد سفر می کنند یا از آن شهر وارد یزد می شوند ساخته شد 5-میدان شاه (قیام) را نیز خان بزرگ و پسرش تکمیل کردند. از زمان مرگ کریمخان زند در سال 1193 ه تا زمان مرگ پسر خان بزرگ در سال 1219 ه، یزدیها دورانی پر از شکوفایی و امنیت را پشت سر گذاشتند. این وضع، زمانی بیش از پیش در خور توجه می شود که بدانیم دیگر نقاط ایران در همین زمان با گونه ایی هرج و مرج سیاسی روبه رو بودند. بدین ترتیب، جای تعجب نیست که در سال 1800 میلادی جمعیت شهر کمابیش 60 تا 70 هزار نفر تخمین زده شده است و برخی نوشته ها از رقم 100 هزار نفر نیز نام برده اند. صرف نظر از جنگ های داخلی سده هجدهم، یزد دوره ای از رشد اقتصادی بی وقفه را پشت سر گذاشت. حتی در اوایل دوره قاجار نیز یزد با وقایع تاریخی خوشایندی روبه رو بوده است. برای نمونه در اوایل دست به دست شدن پادشاهی از زند به قاجار، آقا محمد خان، بنیاد گذار سلسله قاجار، به دلیل پایداری مردانه ای که مردم کرمان در برابر یورشهای او کرده بودند عهد کرد این شهر را با خاک یکسان کند. وی، برای بهره گیری از ساختمان ها مهلت قانونی تعیین کرد. در سال 1210ه. کرمن با چنان ناهنجاری روبه رو بود که مردم آن از خان بزرگ یزد درخواست کمک کردند. وی به نمایندگی از آنها با شاه گفتگو کرد و شاه قاجار نیز حاکمیت کرمان را به پسر خان، حاج علینقیخان سپرد. باتوجه به این رویداد تاریخی، روشن است که کرمان که در جاده شمالی از یزد به هند نزدیکتر بود، فرصت های بازرگانی خود را از دست داد. اهمیت شهرستان یزد چنان بالا گرفت که در نیمه نخست سده نوزدهم یکی از هفت ایالت ایران شمرده می شد.
(معماری شهر یزد (دیروز – امروز – فردا)/ علی مدرس. تهران: یزدا، 1390.ص 63-71).
نگارش: الهه شهبازی (کتابدار کتابخانه وزیری یزد).