این مسجد در ضلع شمالی خیابان قیام، سرپلک، جنب ساباط عرب ها واقع شده است واقف و بانی مسجد به استناد سنگ محراب موجود در آن  شاهمیر الحسینی الاسترآبادی می باشد. عمارت مسجد منحصر به یک گرمخانه بزرگ بوده که سقف آن چهارستون نگاه داشته است کتیبه کاشی موجود در آن مربوط به سده دهم و منقول از مسجد کاروانسرای خواجه و سنگ محرابش مورخ 999 هجری است. این مسجد در صد سال اخیر تغییر وضعیت داده ، بدین صورت که چون ارتفاع آن با بنای کارونسرا بی تناسب بود، به اجازه میرزا علینقی وقت ساعتی یکی از علمای وقت- گنبد و سقف اصلی آن را برداشته و به جای آن سقف مسطحی زده اند تا از پشت بام آن در تابستانها استفاده شود. از شاهمیر استرآبادی که نامش بر روی سنگ محراب میرشاه منقور است، به نام خواجه شاهمیر استرآبادی در جامع مفیدی بمناسبت ساختن مصنعه خواجه یاد شده است و معلوم می شود که از تجار عصر صفوی بوده و به دست ازبکان کشته شده است. شالوده بنا متعلق به اواخر سده دهم هجری و درعهد پهلوی اول به جهت احداث خیابان تغییرات و تعمیراتی در ساختمان آن صورت گرفته است.مسجد ساباط از دو بخش قدیمی و نوساز تشکیل شده و منحصر به یک گرمخانه نسبتا متوسط و فاقد گنبد و بادگیر و صحن می باشد.این مسجد دارای دو در ورودی که در مشبک رنگین آن به خیابان گشوده می شود و دارای سر در آجری با قوس جناغی است که بخش نوساز مسجد درآن محوطه قرار دارد در ضلع جنوبی محراب آجری ساده با قوس شاخ بزی و فرورفتگی مختصر دیده می شود و در دو طرف آن دو پنجره فلزی نصب است . در ضلع شمالی در فلزی که قسمت نوساز مسجد را از بخش قدیمی آن جدا کرده است یک صفه قرار دارد . برروی یکی از زیلوهای مسجد این عبارت نوشته شده است: وقف نمودند جناب سلطان آقا زین الدین العابدین خمسه تاجر یزدی بر مسجد ساباط یزد به سعی حاجی لباف و آقا سید علی سلمانی سنه 1353
آثاری که در این مسجد دیده شده است عبارت است از :
1- کتیبه ای از کاشی معرق متعلق به مسجد کاروانسرای خواجه که قسمت باقیمانده آن 90/11 متر و حدود دو متر از انتهای آن ریخته است و به جای آن کاشی لاجوردی چهار گوش جدید چسبانده اند خط کتیبه ثلث و مسطورات آن سوره جمعه( به خط ثلث درشت و کاشی سفید) و آیه 164 به بعد سوره بقره ( به خط ریز ثلث و کاشی زرد) است.
2- سنگ مرمر محراب کنده کاری شده خوش طرح، خوش نقش و ظریف، منقول از مسجد کاروانسرای خواجه با اندازه 140*75 سانتیمتر با این عبارت: حاشیه آیه الکرسی به خط نسخ و درانتهای آن سنه 99( رقم عشرات شکسته است) در جامع مفیدی آمده است که مصنعه خواجه در 997 به اتمام رسانیده پیشانی لا اله الا الله محمد رسول الله علی ولی الله
وسط ( شکل قندیل و گل و بوته) زیراین لوح وقف است بر مسجد میر شاه الحسینی الاسترآبادی، عمل اسمعیل سنگتراش.

(مساجد تاریخی شهر یزد/ محمد حسن خادم زاده ، یزد: سازمان میراث فرهنگی و گردشگری، 1384).
نگارش: رباب دشتی( کارمند کتابخانه وزیری).