بقعه سیدخلیل که به سید مصلی نیز اشتهار یافته و نباید نام آن را با گنبد سید مصلی واقع در مجاورت کاروانسرای مصلی خلط نمود، ساختمانی است واقع در محله دوازده مصلی عتیق که در دوران گذشته، جنب کوچه ای قرار داشت که در افواه عامه مردم یزد، به کوچه دروازه مصلی اشتهار یافته بود، هم اینک احداث خیابان امامزاده جعفر، بر کنار خیابان مذکور نزدیک چهارراه ایرانشهر قرار دارد.
در این زیارتگاه، دو قطعه سنگ قبر موجودست که به افراد خاندان سید نعمت الله ولی، عارف و سالک شهیر سده نهم هجری، تعلق دارد.
این بنا دارای گنبد مشبک آجرکاری زیبایی است که در آن دو سنگ قبرموجودست که بر روی آنها عبارات و اشعاری به خط نستعلیق محکوک است که به شرح ذیل نقل می گردد:
1.سنگ مرمرین که بر اطراف و بدنه آن اشعاری به خط نستعلیق کتابت گردیده است. در اطراف سنگ، اسامی دوازده امام کتیبه شده است.
2- سنگ قبر دیگری موجودست که عباراتی بر سطح آن کتابت شده که به شرح ذیل آورده می شود:
بر بالای سنگ این عبارت منقور است: "وفات یافت خلف السادات العظام امیر نظام الدین اسحق بن عالی جناب سیادت پناه رفعت دستگاه امیر برهان الدین خلیل الله به تاریخ شهر ربیع الاول سنه 963 ".
بر روی سنگ، آیه الکرسی و عبارت: "لا اله الا الله محمد رسول الله علی ولی الله حقا حقا" حک شده است.
برای نخستین بار هویت مدفونین درین زیارتگاه، به قلم دکتر جواد نوربخش کرمانی به شرح ذیل ضبط گردید. بر اساس این گزارش شاهزاده امیر نظام الدین اسحق فرزند شاه برهان الدین خلیل الله ثانی است که در عصر شاه طهماسب صفوی می زیست و در تاریخ 963 هجری در گذشت.
شاه خلیل ثالث از عارفان دوران صفویه، نواده شاه خلیل ثانی و احفاد شاه نعمت الله ولی است، که در 969 هجری چهره در نقاب خاک کشید. مزار آنها که در مجاورت دروازه مصلای یزد قرار دارد، کشف و به همت عده ای از خیران، بقعه ای جهت آنان بنا گردید.
(گردشگری مذهبی در یزد: امامزاده ها و بقاع یزد/ سیدعلی اکبر خدایی، سیدمحمد طباطبایی بافقی، فاطمه اسلامی، مژگان ملک زاده بافقی. یزد: ناقوس فرهنگ، 1392.ص 229-231).
نگارش: مژگان روحانی (کتابدار کتابخانه وزیری یزد).