ملّا عبدالله بهابادی اندیشه فلسفی خود را از جمال الدین محمود شیرازی می گیرد، اگر چه نزد غیاث الدین منصور دشتکی در مدرسه اش منصوریه هم درس آموخته است. جمال الدین محمود در حلقه فکری مکتب شیراز، شاگرد محقق دوانی و هم عصر قاضی میرحسین میبدی است. ملا عبدالله بهابادی در شیراز و اصفهان درس خوانده و تدریس داشته، با مقدس اردبیلی همکلاس و همدرس بوده، استاد شیخ بهایی و از حلقه های اتصال مکتب شیراز به مکتب اصفهان به شمار می رود. جالب است بدانیم شیخ بهایی علاوه بر حکمت، "قانون" ابن سینا  در طب را نیز نزد ملاعبدالله خوانده است: " صرح البهایی فی بعض المواضع بانه قرا کلیات القانون و غیره علی المولی عبدالله الیزدی" "شیخ بهایی در برخی جاها تصریح کرده که کلیات قانون و غیر آن را نزد عبدالله یزدی خوانده است" شیخ بهایی در حاشیه خود بر کتاب تفسیر قاضی، از ملاعبدالله بهابادی به "علامه یزدی" یاد می کند. شیخ حسن بن زین الدین بن علی بن احمد عاملی (فرزند شهید ثانی)، محمدبن علی بن حسین موسوی عاملی جبعی ملقب به شمس الدین نیز از شاگردان او محسوب می شوند. بهابادی با دربار صفوی در ارتباط بود.
عمده شهرت ملاعبدالله بهابادی به واسطه حاشیه ای است که بر "تهذیب المنطق و الکلام" سعدالدین تفتازانی نوشته و آن را در 967 ه ق در دوران تدریس و بحث در نجف اشرف به پایان برده است. این کتاب از متون معتبر آموزش دانش منطق در جهان اسلام بوده است. کتاب "تهذیب المنطق" تفتازانی کمابیش از منابع درسی حوزه های علمیه به شمار می رود. شیخ آقابزرگ تهرانی در مبحث حاشیه می نویسد: تا کنون حواشی بسیاری بر حاشیه عالمانه آخوند ملاعبدالله بهابادی نوشته شده است. او به بیش از بیست حاشیه بر حاشیه ملاعبدالله اشاره می کند. هنوز برخی معتقدند بهترین کتاب برای تدریس منطق قدیم، "الحاشیه علی تهذیب المنطق" ملاعبدالله بهابادی است. از نگاه مرتضی مطهری ملاعبدالله علاوه بر فقه، در معقول و به ویژه منطق تسلط داشته است. این استقبال گسترده از اثر منطقی ملاعبدالله نشان از تاثیری دارد که بهابادی در جریان علمی و آموزشی زمان خودش ایجاد کرده است.
ملاعبدالله یکی از چهره های موثر در تقویت جریان عقلی زمان خود بود و بر مکتب شیراز و مکتب فلسفی ملاصدرا تاثیر بسزایی داشت. او توانست جریان عقلی قرن دهم را تقویت و به نیز عراق صادر کند. کتاب "آخوند ملاعبدالله بهابادی (حاشیه)" اثر احمد ترحمی بهابادی به بررسی زندگی و آثار ملاعبدالله پرداخته است. کتاب بررسی و تحلیل سیره علمی و عملی علامه ملاعبدالله بهابادی یزدی" نوشته حسن عبدی پور که سال 1394 ه ش منتشر شده، جدای از بیان سیره و زندگی این فیلسوف بزرگ، از آن جهت اهمیت دارد که به جریان سازی عقلی و نقش ملاعبدالله در مبارزه با جریان اخبارگری در نیمه دوم قرن دهم پرداخته است. نویسنده همچنین کوشیده است حاشیه ملاعبدالله را با منطق مظفر مقایسه کند و نقش منطق در پیشبرد تمدن اسلامی را تبیین نماید. ملاعبدالله فقط منطق دان نبود، بلکه در این علم، نوآوری هایی نیز داشته است، به عنوان مثال می توان به نوآوری او در مساله اشکال اربعه منطق اشاره کرد.او بدین منظور کتاب "ضابطه اشکال اربعه" را در شرح تهذیب المنطق تفتازانی و به طور خاص و مستقل تالیف کرد. آثار ملاعبدالله را می توان به شش دسته کلی تقسیم کرد: آثار منطقی، آثار فلسفی، آثار فقهی، آثار تفسیری، آثار کلامی و آثار بلاغی. ملاعبدالله به جز " الحاشیه علی تهذیب المنطق " تفتازانی به عربی، " شرح تهذیب المنطق" را به فارسی نوشته است. " حاشیه بر حاشیه شریفیه" و "حاشیه بر حاشیه شرح شمسیه" نیز در منطق است. بهابادی بر مبحث موضوع علم از کتاب حاشیه دوانی، حاشیه زده است. " شرح کتاب حکمه العین" اثیرالدین ابهری، از جمله کتب فلسفی بهابادی است. بهابادی در رساله "تشکیک" بر شرح و حواشی تجرید، تعلیقاتی زده و مباحثاتی از علامه دوانی، سیدصدرالدین دشتکی و فرزندش غیاث الدین دشتکی نقل، نقد و بررسی می کند. ملاعبدالله آثار دیگری نیز دارد از جمله: "حاشیه بر مختصر تفتازانی"، "حاشیه بر مطول تفتازانی"، "التجاره الرابحه فی تفسیر السوره الفاتحه"، " شرح قواعد در فقه شیعه"، " الدره السنیه فی شرح الرساله الالفیه الشهیدیه"، " شرح العجاله ( در منطق)، "حاشیه بر مبحث جواهر از شرح تجرید"، " حاشیه ارشاد الاذهان"، " حاشیه انوار التنزیل "، " حاشیه بر حاشیه خطائی" و غیره. حسن ایجاز یکی از ویژگیهای آثار بهابادی است. مجموعه آثار ملاعبدالله نزدیک بیست جلد است که به همت دبیرخانه بزرگداشت شخصیت علمی و عملی علامه ملاعبدالله بهابادی یزدی در دست انتشار است.
(تاریخ فلسفه یزد/ حمیدرضا عبدلی مهرجردی/میبد: حمیدرضا عبدلی مهرجردی، ۱۳۹۷. ص ۴۴-۴۸).
نگارش: مژگان روحانی(کتابدار کتابخانه وزيری یزد).