احتمالا نام محله کثنویه با لفظ کثه و کث در واژه فارسی باستان به معنای کوچک آورده شده است. از نوشته های بعضی مورخان محلی یزد چنین بر می آید که کثنویه برجای کثه قدیم یزد شکل گرفته. اولین بار در قرن چهارم هجری در ممالک و مسالک اصطخری آمده است. در این کتاب درچندین جا به آن اشاره شده است " اول کثه و آن شهر بزرگ آن اقلیم و ناحیت است میبد و نائین و فهرج و غیر از آن که در این ناحیت چهار منبر است و به هیچ ناحیت دیگر نیست." ،" به شهر کثه و بیضا و سرمق قلعه ها هست." ، " بزرگترین کوره هایی که در حوالی اصطخر هست از طرف خراسان کثه است و کثه حومه یزد است. و اما کثه که حومه یزد است شهر خوش و منزه با نعمت فراوان ...." از قلعه گبران تا به شهر کثه که حومه یزدست پنج فرسنگ ... و از کثه تا میبد ده فرسنگ...".
در اکثر کتب جغرافیای قدیم نام یزد به عنوان ناحیت آمده و کوره و شهر بزرگ آن، کثه ذکر شده است چنانکه یاقوت حموی در کتاب معجم البلدان خود می گوید:" ناحیت یزد بزرگتر نواحی باشد. سه جایی که مسجد آدینه دارد. کثه و میبد و نائین و بهره (فهرج)". در سده های بعد تا قرن هشتم، نام " کثه" فقط در آثار جغرافیایی آمده و در منابع تاریخی همه جا از یزد نام برده اند. در سده نهم هجری نویسندگان تاریخ یزد نام کثه را با روایات زندان اسکندر در آمیخته و کثه را اول عمارت یزد پنداشته اند که به دستور اسکندر مقدونی ساخته شد و آن را زندان ذوالقرنین خوانده اند اما این که این کثنویه به جای کثه تاریخی ساخته شده جای تردید است. کثنویه در متون قدیم طبق ضبط جامع الخیرلت از دسکره های یزد محسوب می گردید. بنا به اظهارات جعفری تره بار مصرفی شهر یزد در قرن نهم از آنجا تامین می شده است وآن ناحیه را باغستان می نامیده اند. در تاریخ جدید یزد هم همین مطلب مندرج است، بدین عبارت:" هر سه باغستان (دهاباد، نرسوباد و کثنویه) به یکدیگر متصل... آما کثنویه همچنان بر حال عمارت و زراعت است و بیشتر از آن موضع بر می آید و باغات معمور دارد و رعایای آن جانب بر یکدیگر تغلب و تسلط جایز ندارند و بر موجب راستی شرب کنند و به خیر و طاعات کوشند و حق تعالی ایشان را برکت عظیم داده." مولف تاریخ یزد در خصوص زیبایی، سرسبزی و باغات بسیار کثنویه چنین گوید:" باغستان نرسوآباد و دهاباد و کثنویه به هم متصل اند و باغستان بسیار و بستاتین خرم دارد و میوه بسیار حاصل می شود و بقلیات یزد از تره و اسفناج و نعناع و ترخون و غیره بیشتر از کثنویه حاصل می شود و جدیده و برزه هم بدین شان متصل است." " در این آبادی، میرزا معین که از طرف شاه صفی وزیر یزد بود باغی و عماراتی بنیاد نهاد و بعد از عزل وزیر به تصرف شرعی میرزا محمد امین درآمد". وجود آرامگاه زنی از خاندان نوربخش (دختر شمس الدین ابن شاه قوام الدین) در روبروی بقعه سید کثنویه که امروزه به قبر "بی بی" معروف می باشد در بین مردم از اهمیت خاصی برخوردار است همچنین وجود چند حسینیه در این محله (حسینیه سادات، کثنویه، حاج علی اکبر قندهاری) و رونق آن در ایام سوگواری نشان از حفظ ساختارهای فرهنگی، مذهبی، اجتماعی این محله دارد.
اما امروزه آنچه که بر اهمیت محله افزوده است نام سیدمحمد کاظم طباطبایی یزدی صاحب کتاب عروه الوثقی و از مراجع تقلید در دوره قاجار می باشد که در نجف اشرف به خاک سپرده شده است که مایه مباهات و افتخار مردم این محله است. لازم به ذکر است مجاورت این محله با محله نصرآباد (یکی از محلات زرتشتی نشین) و سکونت تعداد زیادی از زرتشتیان و وجود اماکن مربوطه (گهنبارو...) در کثنویه تعامل فرهنگی بین ادیان زرتشتی و اسلام را به وجود آورده اند.
از عناصر شاخص این محله می توان به موارد زیر اشاره نمود:
۱- برج کبوترخانه کثنویه
۲- حمام کثنویه
۳- حسینیه کثنویه
۴- بقعه سید کثنویه
۵- آب انبار زرتشتی های کثنویه
۶- بازارچه کثنویه
۷- حسینیه قندهاری
۸- مسجد سر سه راه
۹- قبر بی بی (روبروی سید کثنویه)
۱۰- قنات کثنویه
(مساجد تاریخی شهر یزد. محمدحسن خادم زاده. تهران: سبحان نور، ۱۳۸۸.ص ۲۳۲-۲۳۴).
نگارش: مژگان روحانی (کتابدار کتابخانه وزیری).