به گزارش روابط عمومی کتابخانه و موزه وزیری یزد، وابسته به آستان قدس رضوی،  قدیمی ترین اثر موجود از این عالم بزرگ در کتابخانه وزیری نسخه «وجیزه» است که در سال 1004 ق به خط نسخ 10 سطری کتابت شده و دارای جلد با تیماج ضربی و کاغذ حنایی است، که توسط محمود فرساد وقف کتابخانه شده است.
به گفته منوچهر آرسته یکی از برجسته‌ترین آثار شیخ بهایی در حوزه علوم و معارف اسلامی که در 1060ق در 129 برگ کتابت شده «مشرق الشمسین و اکسیر السعادتین» است که مؤلف در آن، با بهره‌گیری از آیات الاحکام و روایات فقهی، به ارائه فقه استدلالی شیعه پرداخته است.
آرسته، «اربعین حدیث معروف به اربعین» را یکی از نسخه‌هایی معرفی کرد که توسط شیخ بهایی بر آن شرح نگاشته و ابن خاتون شاگرد وی، آن را به فارسی ترجمه و شرح کرده و در سال 1019 ق به قلم محمد حسين بن ايوب طالقاني به خط نسخ 17 سطری کتابت شده که این اثر توسط علي‌محمد وزيري وقف کتابخانه وزیری یزد شده است.
«مفتاح الفلاح» دیگر نسخه نفیس از آثار شیخ بهایی در کتابخانه وزیری یزد است که وی در معرفی آن گفت: این اثر در سال 1015 ق به قلم محمد سامع بن محمد نصير یزدی به خط نسخ 12 سطری کتابت و دارای جلد تیماج ضربی به وسیله مصطفی علمیه وقف کتابخانه شده است.
کارشناس مسئول کتب چاپ سنگی و مطبوعات کتابخانه وزیری یزد «زبده الاصول» را دیگر نسخه نفیس این کتابخانه عنوان کرد و گفت: این اثر در 54 برگ در سال 1018ق به خط نسخ کتابت شده و توسط محمود فرساد وقف شده است.
«ترجمه خلاصه الحساب» کتابت شده به خط نسخ در سال 1089ق در 64 برگ در کاغذ ترمه و جلد تیماج است دیگر اثر نفیسی بود که وی بدان اشاره کرد و گفت: این اثر توسط محمد طاهری به کتابخانه اهدا شده است.
«اثناعشريات الخمس صلواتيه»، «جامع عباسی»، «شیر و شکر»، «کشکول»، «ترجمه اربعین»، «الفوائد الصمدية»، «الکافية في النحو»، «نان و حلوا»، «توضيح المقاصد»، «تحفه حاتمي» از دیگر آثار موجود شیخ بهائی در کتابخانه وزیری زید بود که وی بدان اشاره کرد.
گفتنی است، شیخ بهائی یکی از پرکارترین علمای جهان اسلام است که تعداد تألیفات او را با توجه به رساله‌ها و تحشیه‌ها و تعلیقه‌ها، ۱۲۳ عنوان دانسته‌اند. با توجه به گستره دانش شیخ بهایی، آثار او در زمینه‌های متنوعی هستند و از فقه، علوم قرآنی، ادعیه و مناجات، اصول اعتقادات گرفته تا حکمت و فلسفه و حتی ریاضیات و علوم غریبه را شامل می‌شوند.