در آستان قدس موقوفات بسیاری با  مصارف متعدد وجود دارد یکی از این مصارف موقوفه ها وقف امور آموزشی است. در طول تاریخ، نیک‌اندیشان بسیاری املاک خود را برای مصارف آموزشی در آستان قدس رضوی وقف کردند. به‌طور نمونه محمد بیکا ناظر بیوتات آستانه، بخشی از دارایی و املاک خودرا همچون مزرعه محراب خان و قنات درویش بیگ را با شرایطی وقف برمکتب خانه آستان قدس کرد. بر اساس این وقف نامه سالانه قبا، پیراهن، زیر جامه، کلاه، شال کمر، کاغذ، قلم، مرکبات به کودکان مکتب خانه داده شده است. در سال 1283قمری میرزا حسن معروف به میرزا بابا مستوفی حرم مطهر، بخشی از درآمد حاصل از املاک خود را صرف مکتب خانه اطفال ایتام سادات نموده است. از دیگر واقفان مهدی قلی خان قرایی می باشد که درسال 1289قمری بخشی از موقوفه خود را جهت مکتب خانه اطفال ایتام سادات اختصاص داده است. وی شرط نمود که هر سال40تومان جهت اطفال و 2 تومان برای معلم آن ها هزینه شود و ازمحل موقوفه سالانه یک دست لباس به آن ها داده شود. وقف نامه دیگر مربوط به علی اکبر خان تحویلدارآستانه مقدسه درسال 1300قمری است که بخشی از عواید حاصله از موقوفه را به مکتب خانه اطفال ایتام سادات اختصاص داده است که در سال 1302قمری همین شخص موقوفه دیگری جهت  اطفال یتیم سادات در روزعید غدیربه عنوان عیدی قرار داد. واقفان دیگری همچون میرزا حسین محررو میرزا هدایت الله حسینی  بخشی از درآمدهای موقوفات را به مکتب خانه  اختصاص دادند .
 در سال ۱۲۷۹ قمری، میرزا ابوالحسن؛ صاحب نسق آستان قدس، بخشی از درآمد حاصل از املاک خود را وقف بر مکتب‌خانه اطفال در صحن عتیق می‌کند.