مهمانسرای امام رضا (ع) تاریخچه‌ای طولانی به قدمت 500 سال دارد. در ادوار مختلف نام‌های متفاوتی به مهمانسرا داده شده است. دورۀ صفویه و افشاریه از آن با عنوان مطبخ و در  قاجاریه با نام کارخانۀ مبارکه یاد شده است، البته در این زمان با توجه به افزایش تعداد زوار و کارکنان حرم، مهمانسرا به دو قسمت تقسیم گردید. کارخانه مبارکه زواری برای پذیرایی از زوار بوده است و کارخانه خادمی که برای پذیرایی از کارکنان و خدام حرم مطهر در نظر گرفته شده بود. در عصر پهلوی این مکان  به مهمان‌خانۀ حضرتی و سپس مهمانسرای حضرت تغییر نام داد. 
قدیمی ترین سند اسناد به جای مانده از دوره صفویه متعلق به سال  1110 هجری قمری یعنی بیش از 330 سال قبل است. باتوجه به این نکته که در این زمان شبها حرم مطهر مفتوح نبوده، غذا در نوبت سحر توزیع نمی شده است اما از اواسط دوره قاجار شاهد توزیع وعده سحری میان خدام در حرم مطهر هستیم. 
در دوره صفویه چون تنها وعده ارائه شده افطار بوده است غذاها متشکل از برنج و گوشت بوده است اما در دوره قاجار غذای افطار مهمانسرا حضرت برای پذیرایی افزوده شد که شامل پلو و یا به تعبیر اسناد پلاو، خورش، بورانی بادمجان، کوکو، آبگوشت، نان و ... بوده است. بر اساس اسناد تمام هزینه‌های تهیه مواد غذایی از سوی آستان قدس تأمین می‌شده است.