نظام آموزش سنتی ایران در دوره قاجار را می‌توان نظام مکتب خانه‌ای نامید. مکتب خانه ها مهمترین پایگاه آموزش در نظام آموزشی قدیم به شمار می روند. فلسفه آموختن این نظام بیشتر تربیت شاگردان و آموختن شرعیات دینی و مذهبی بود. محور آموزش، یادگیری قرآن بود و چون زبان قرآن عربی بود ضرورت آموزش زبان عربی فراهم شد. در کنار آن زمینه آموزش احکام دینی و علومی مثل فقه، تفسیر، حدیث و ... در مکتب خانه ها توسط معلمین ایجاد شد.
از قدیم در حرم مطهر رضوی آموزش به اطفال در مکتب خانه و آموزش تخصصی در مدارس علمیه وجود داشته است.آموزش در مکتب خانه ها حکم مدارس ابتدایی و مدارس علمیه حکم دانشگاه های امروزه را داشته اند. در حرم مطهر رضوی به دستور شاه طهماسب دوم صفوی مکتب خانه اطفال ایتام در حرم مطهر رضوی ساخته شد. در این مکتب خانه، اطفال یتیم زیر نظر معلمان به صورت رایگان تحصیل می کردند. اسناد آستان قدس رضوی  مربوط به مکتب خانه به مشاغلی چون معلم، متعلمین (دانش آموزان)، خلیفه، نام مکتب خانه اشاره شده است و نیز هزینه های مدرسه از جمله هزینه های تغذیه (نان و خورش)، کفش، لباس، کمک هزینه تحصیلی آنها، حضور و غیاب اطفال، نام کتاب های درسی،و... را شامل می شود. بخشی از هزینه های مکتب خانه از موقوفه محراب خان تامین شده است. از شرایط وقف نامه میتوان آموزش 40 نفر یتیم سادات و صغیر را نام برد یعنی سید بر غیر سید ارجعیت دارد و تا سن بلوغ از این مزایا می توانند بهره مند شوند. به طور معمول معلمین نیز از سادات انتخاب می شده اند.
یکی از قدیمی سندها به سال 1012 (دوره صفویه) به نام مولانا یارعلی معلم اشاره شده است. این سند به پرداخت مبلغ 6 تومان و هفتاد و چهار دینار رایج خراسان از محل درآمد های آستان قدس به معلم و شاگردان مکتب خانه ایتام و تعدادی مستحق اشاره شده است.