«سه سال ستیز مرجعیت شیعه در ایران» از تالیفات مرحوم حجت‌الاسلام‌والمسلمین روح‌الله حسینیان است.
این کتاب روایت‌گر وقایع و رخدادهای سال‌های 1341 تا 1343 یعنی سال‌های آغازین نهضت اسلامی است. پیش‌زمینه‌های نهضت در همین سال‌ها شکل گرفت و سلسله رویدادها ازجمله رویارویی علما با لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی و مقابله با طرح آمریکایی انقلاب سفید در این سه سال منجر به شکل‌گیری مبارزات انقلابی شد.
چرا علما با لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی و رفراندوم انقلاب سفید مخالفت کردند؟ نقش آمریکا در تصویب این لوایح چه بود؟ زمینه و روند تصویب آن طرح‌ها چگونه شکل گرفت؟ مبارزات علما چطور ساماندهی شد؟ نقش مردم در این مبارزات چه بود؟ رخدادها چگونه به قیام 15 خرداد 1342 ختم شد؟ و ... پرسش‌هایی است که در این کتاب بدان‌ها پاسخ داده می‌شود.
حجت‌الاسلام حسینیان در بخشی از مقدمه می‌نویسد: «اين كتاب سعي می‌كند تا اين فرضيه را به اثبات برساند كه علما از آن جهت با لايحه انجمن‌های ايالتی و ولايتی و رفراندوم انقلاب سفيد مخالفت كرده‌اند كه خاستگاه آن را آمريكا و اجرای آن را موجب استبداد رژيم، تضعيف اسلام و ارزش‌های دينی و حاكميت غيرمسلمانان می‌دانسته‌اند. در واقع، مبارزه سه ساله مرجعيت شيعه، ستيزی عليه استعمار آمريكا و استبداد شاه بوده است.»
ویژگی‌های کتاب «سه سال ستیز مرجعیت شیعه در ایران» را به طور خلاصه می‌توان چنین برشمرد:
- از منابع و اسناد معتبر فراوان و دست اول استفاده شده است.
- بسياری از اغلاط تاريخی بر مبنای اسناد جديد تصحيح شده است.
- بسياری از مشهورات تاريخی را بر مبنای اسناد و منابع به چالش می‌كشد.
- اين كتاب ثابت می‌كند قيام مرجعيت شيعه هرگز در مقابل اصلاحات ارضی يا تقسيم املاك موقوفه نبوده است.
- این اثر با متنی روان و مستند، تمام وقایع و رویدادهای تاریخی را از مهر 1341 تا آبان 1343 بررسی کرده است.
گفتنی است اين كتاب، جلد سوم از مجموعه «انقلاب اسلامي (زمينه‌ها ـ چگونگی و چرايی)» است.
