ظهور و قیام جهانی امام زمان(عج) به عنوان رخدادی مهم و مورد بشارت همه پیامبران و اولیای الهی در کانون نگاه علاقه‌مندان به مباحث مهدویت قرار دارد؛ به ویژه آن‌ که شیعیان آرزومند تحقق آن هستند و دشمنان نیز در بیم از دست دادن موقعیت خود آن را دنبال می‌کنند تا برای مقابله با آن غافلگیر نشوند. شجره طوبی با هدف آماده‌سازی منتظران و پاسخ به پرسش‌های آنان نوشته شده است.
در فصــل اول ایــن کتــاب، معرفت امام زمان مورد بررســی اجمالــی قرار گرفته اســت. فصــل دوم، ســوم و چهــارم کتــاب به شرایط و علائم قطعی ظهــور و چند مورد از علائم غیر حتمی می‌پردازد. در فصل پنجم و ششــم، زمان ظهور و ســپاهیان حضرت بررسی شده است: نهضتی که از کنار کعبه آغاز می‌شود و یاران و پیروانش از سراســر جهان به او می‌پیوندند. در فصل هفتم و هشــتم به بیعت یاران و پیروان با َنکردن ســتم امام عصر و امدادهای غیبی در قیام حضرت مهدی برای ریشــه‌کنی ســتمگران از جهان می‌پردازد. در فصل نهم به حکومت حضرت پرداخته و اینکه ایشــان برای ادارۀ جهانی رهیده از فســاد و ظلم و ســتم و همچنین تحقق حاکمیت اسلام دولتی قوی از یاران زمان خویش و بزرگانی مانند حضرت عیسی، سلمان فارســی، مالک‌اشتر و ... تشکیل می‌دهد. فصل دهم کتاب، به فرجام زندگی امام زمــان، شــهادت یــا رحلت آن حضرت پرداخته اســت. در فصــل یازدهم، جهان پس از حضرت مهدی بررســی شــده و پنج وضعیت برای آن جهان ترســیم شده و بــه وضعیــت صحیــح اشــاره می‌شود. در فصــل دوازدهــم، رجعــت معصومیــن و رویارویی انبیاء و ائمه اطهار با دشمنان سرسخت خود بررسی شده است.