هدف کتاب «تبیین نظریه مقاومت مبتنی بر اندیشه امامین انقلاب اسلامی» نوشته حسین میرچراغ‌خانی ، تبیین نظریه مقاومت است، نظریه‌ای که تاکنون به صورت علمی تبیین نشده است، منظور از تبیین علمی بیان دلایل موجه بودن و مطلوب بودن نظریه مقاومت به همراه بیان علل و زمینه‌های بوجود آمدن نظریه است. تفاوت اصلی هدف کتاب «تبیین نظریه مقاومت ...» با آثار مشابه و مرتبط با نظریه مقاومت، نگاه روشمند به تبیین نظریه به همراه توجه به زبان و ساختار نظریه های علمی است.
تبیین علمی نظریه‌ها؛ نیازمند توجه به قواعد راهبردی تبیین است، از جمله این قواعد، قرار دادن پدیده مورد نظر ذیل قوانین کلی و توجه به تنوع پذیری تبیین است. نظریه‌های علوم انسانی به صورت قابل توجهی با یک دیگر در ارتباط هستند، یعنی یک نظریه در علوم سیاسی ارتباط معناداری با علومی مانند فلسفه، منطق، فقه، اقتصاد، جامعه شناسی، تاریخ و روان شناسی دارد. به همین دلیل تبیین نظریه مقاومت مبتنی بر اندیشه‌های امامین انقلاب اسلامی مستلزم درک اندیشه‌های کلی آنها در علومی است که با نظریه مقاومت در ارتباط هستند برای نمونه نمی توان نظریه مقاومت از دیدگاه امامین انقلاب اسلامی را تبیین کرد اما نسبت به اندیشه های فلسفی، کلامی، فقهی و سیاسی امامین بی توجه بود. در واقع تبیین نظریه مقاومت مبتنی بر اندیشه‌های امامین انقلاب اسلامی مستلزم درک اندیشه‌های کلی آنها در علومی است که با نظریه مقاومت در ارتباط هستند. به همین دلیل حسین میر چراغ خانی از رویکرد باب بندی و دسته بندی موضوعی فیش‌های خام و داده‌های مرتبط با نظریه مقاومت اجتناب کرده است.
کتاب«تبیین نظریه مقاومت مبتنی بر اندیشه امامین انقلاب اسلامی» در چهار فصل به صورت زیر تدوین شده است.
فصل اول: مفاهیم و کلیات؛ در این فصل پس از طرح مساله و اهمیت موضوع، اهداف و نتایج مورد انتظار بررسی و مفاهیم نظری و روش پژوهش توضیح داده شده است.
فصل دوم: ابعاد منطقی و معرفتی نظریه مقاومت؛ در این فصل گفتار اول به مبادی و مبانی، گفتار دوم به روش شناسی بنیادی و گفتار سوم به رویکردهای منشعب از نظریه می‌پردازد.
فصل سوم: صورت بندی نظریه مقاومت؛ در این فصل گفتار اول؛ مفاهیم و عناصر قوام بخش نظریه مقاومت، گفتار دوم؛ ساختار معرفتی نظریه و گفتار سوم؛ روش شناسی کاربردی نظریه مقاومت را واکاوی و تبیین می‌کند.
فصل چهارم: ابعاد وجودی و اجتماعی نظریه مقاومت؛ در این بخش گفتار اول؛ زمینه های وجودی معرفتی، گفتار دوم؛ زمینه‌های وجودی غیر معرفتی گفتار سوم؛ رابطه بینا فرهنگی نظریه را بررسی می‌کند.